三阶段论是关于科学认识发展的逻辑顺序的一种学说。1936年，日本物理学家武谷三男（1911- ）在《自然辩证法从空想到科学的发展》等文中提出。认为人类对于自然的科学认识发展过程有三个阶段：(1)现象论阶段。主要描述观察现象和实验结果，所描述的个别事实，相当于黑格尔概念论中的个别判断，是科学认识的自在阶段。(2)实体论阶段。主要整理有关现象的描述，探索有关产生现象的实体结构，寻求规律性的知识，所探寻的是特殊实体结构在特殊情况下具有的特殊现象，相当于黑格尔概念论中的特殊判断，是科学认识的自为阶段。(3)本质论阶段。主要揭示实体间相互作用的规律，相当于黑格尔概念论中的普遍判断，是科学认识的自在自为阶段。科学认识大体按照这三个阶段的顺序循环往复向前发展。人类对于自然的科学认识的三阶段逻辑发展顺序，是由自然界本身具有的现象、实体、本质的结构所决定的。在实际的科学认识活动中，三阶段的逻辑顺序并不是绝对固定的。由于科学的发展受到社会生产技术和社会意识形态状况的制约，人们对自然事物的认识顺序会出现错综复杂的形态，有时两个阶段或三个阶段发生相互变错。日本物理学家汤川秀树（1907-1981）、坂田昌一和武谷三男在建立介子理论时，都把三阶段作为方法论指导原则。