何法倪以出身名门应选入宫。

升平元年（357年）八月，晋穆帝司马聃下玺书说：“皇帝向前太尉参军何琦（何法倪堂叔父）咨询：天地形成之初，就开始制定人与人的关系，于是有了夫妇，以此来供奉天地宗庙。与公卿商议，都认为应该遵循旧有典章。现在派使持节太常王彪之、宗正司马综，用礼物纳采。”何琦回答说：“前太尉参军、都乡侯小臣何琦行稽首礼叩首再拜。皇帝下达美好的命令，在我家族中寻访婚姻，准备了数人供选择。我的堂弟已故散骑侍郎何准的遗女，从未间断过训导，衣着如常人。恭敬严肃地奉承旧有的典章制度。”八月十九日，晋穆帝又派兼太保、武陵王司马晞，兼太尉、中领军司马洽带上册书，立何法倪为皇后。

元兴二年（403年），桓玄篡位，把何法倪移到司徒府居住。路过太庙时，何法倪停车大哭，哀伤感动路人。桓玄听说后发怒说：“天下禅让替代是很平常的事，与姓何的女子有什么关系！”于是把何法倪降为零陵县君。与晋安帝司马德宗一同西行到巴陵。