高祖（元宏）初，拜徐州刺史，甚有威惠。太和三年（479年）十一月，授假梁郡王。率领军队出淮阴，回合陇西公拓跋琛、河东公薛虎子军队，一同攻打南齐。四年（480年）二月，元嘉和宋王刘昶进攻寿阳，至三月还军。同年八月，南齐角城戍主投降北魏，元嘉领军前往接应。九月元嘉军队包围朐山，与齐将玄元度、卢绍之对抗。齐军援军到来后，元嘉退兵。太和五年（481年），元嘉再击败齐军，俘虏当地民众三万多人，送往代郡平城。

太和十九年（495年），魏孝文帝元宏诏令司空公穆亮、领军将军元俨、中护军广阳王元嘉和尚书陆琇担任鲜卑四大中正，一起分定鲜卑姓族。至太和二十一年（497年），魏孝文帝以南巡为借口，发兵攻打南齐，隔年（498年），魏军拿下南齐沔北地区，在此区域设置荆州，任命元嘉为荆州刺史。太和二十三年（499年），齐将陈显达领军北讨，连败元英的军队，又攻下马圈、南乡等城，三月魏孝文帝抱病从洛阳南下亲征，派遣元嘉驻扎在均水和沔水交会处，准备阻断陈显达的退路。拜镇南大将军，诏断均口元禧、护军将军司空北海王元详、镇南将军尚书令王肃、吏部尚书宋弁、右仆射任城王元澄等辅政。