清代镶黄、正黄、正白包衣三旗，统隶于内务府， 故合称“内务府三旗”， 简称 “内三旗”。内务府初辖镶黄、正黄包衣二旗，顺治八年（1651），正白旗收归天子自将，归隶内务府，遂成“内务府三旗” 之制。其初三旗共设包衣满洲佐领九个，旗鼓佐领（亦称包衣汉军佐领）十二个，管领二十个，正黄旗包衣朝鲜佐领一个。康熙十六年（1677），三旗各编为五个参领，每参领设包衣骁骑参领一人领之。康熙三十四年，三旗增编包衣佐领十三，管领十，每旗额定包衣满洲佐领五，旗鼓佐领六，管领十，正黄旗包衣朝鲜佐领二。乾隆二十五年（1760），又将迁居京城的维吾尔人编成回子佐领一，隶于正白旗包衣第五参领。此后三旗编制未再变更，直至清亡。