按从文馆到内三院发生了阶段性的变化，尽管从职能、官阶上他们的权力仍依附于皇权，然而机构的规范化、权责的明确化为其迈向政治成熟、政治独立提供了制度保障。尽管内三院确立的官阶照军阶给予且较为低微，但官阶的出现确立了他们的地位，地位的确立尤其对汉文臣来说是种身份的象征，也是对他们才能的肯定。文馆、内三院满文臣、汉文臣的地位有尊卑之别，与对太宗的重要度的多少无直接关联，主要体现于文化上尊崇满文臣翻译国书、记载实录等，所以很难从他们掌握的权力来区分满文臣、汉文臣地位尊卑，也无所谓文馆之首、内三院之魁，史料中的记载也无非是种文化的肯定。对贝勒权力来说，文馆、内三院是直接向皇帝负责，与他们的权力并无直接关联，对他们不会造成实际影响，此时的他们还是并行不对立的两套系统。

崇德八年（1643年）皇太极去世，六岁的福临继位。睿亲王多尔衮摄政之初，虽以济尔哈朗为首、己为辅，但由于他掌管吏部，才识胜过济尔哈朗，国政仍有他掌管。十二月，寻借口罢诸王贝勒等办理部院事务“前者众议公誓，凡国家大政必众议佥同，然后结案。……方先帝置我等于六部时，曾谕国家开创之初，故令尔子弟辈暂理部务，侯大勋既集即行停止。今我等既己摄政，不便兼理部务，我等罢部务事而诸王仍留亦属未便，今欲概行停止，止令贝子公等代理部务。……惟原在部之贝子博洛公、满达海，不令缺事，其余王贝勒贝子俱罢管部务，悉委之尚书焉。”由于多尔衮虽以亲王辅政，但由于没有君主地位，若继续以诸王贝勒管理部院事务，旗务部务交织形成盘根错节的势力网，可能造成与他分庭抗礼的势力，因此取消六部由八旗贝勒执掌，政务由两位摄政王决断，如此两位摄政王取得了凌驾诸亲王、群王、贝勒之上的地位。

在顺治元年（1644年）正月，济尔哈朗又集内三院、六部、都察院、理藩院堂官谕“嗣后凡衙门办理事务，或有应白于我二王者，或有记档者，皆先启知睿亲王。档子书名，亦宜先书睿亲王名。其坐立班次，及行礼仪注，俱照前例行。”实际确立了多尔衮“首席摄政王”的地位。同时又“增设内三院学士各一员，以觉罗伊图为秘书院学士，来衮为国史院学士，查布海为弘文院学士。”将亲信满洲文人派入内三院中，掌握来往机密奏疏，牢牢掌握政务文书情况。政治地位迅速确立后，顺治元年（1644年），多尔衮在秘书院大学士范文程的指导下，以“申严纪律，秋毫勿犯，复宣谕以昔日不守内地，及今进取中原之意，而官仍其职，民复其业，录其贤能恤其无”为指导思想，率清军入关，击败李自成。十月，世祖福临迁都北京。在京大小衙门机关都照明朝旧制。

此时，这些文臣分别向多尔衮为内三院要两大权力，以树立内三院的机要地位一、“京师理，则天下不烦挞伐，臣等所虑者，吏、兵二部，任事不实，仍蹈汉习，互相推语，任用匪人，贻误非小……宜将内院通达治理之人，暂摄吏、兵二部事务。”二、“国家要务，莫大于用人行政，臣等备员内院，凡事皆当与闻。今各部题奏，俱未悉知，所票拟者，不过官民奏闻之事而已。夫内院不得与闻，况六科乎倘有乖误，臣等凭何指陈，六科凭何摘参按明时旧例，凡内外文武官民条奏，并各部院履奏本章皆下内阁票拟，已经批红者仍由内阁分下六科，抄发各部院，所以防微杜渐，意至深远。以后用人行政要务，乞发内院拟票，奏请裁定。”对于前者结果是“睿亲王报曰尔等言是，但内院机务殷繁，不便令其署理政务。”对于后者多尔衮的“是其言”。顺治二年（1645年）三月，“谕内外大小各衙门曰凡陈奏本章照故明例，殊觉迟误。今后部院一切疏章，可即速奏，候旨遵行。至于各衙门应属某部者，有应奏事宜，即呈送该部转奏。……其有与各部无涉，或条陈政事，或外国机密，或奇特谋略，此等本章，俱赴内院转奏。“既不赋予内三院票拟权，又剥夺内三院管理朝廷政务的权力，仅赋予内三院参与对外征战、谋划和招抚等事务，与太宗时期内三院的职能相比实际是削弱了。“且在顺治三年（1646年）“摄政王多尔衮谕内院，嗣后诸王大臣，差遣在外，凡有奏启，止令具本御前，予处启本，著永行停止。”将军务也列为机密，不准内三院参与其中。这与汉文臣竭力追求内三院的宰辅地位大大相左，内三院的地位实际名不副实。唯一获得扩大的只能算机构和人员，将翰林院合并于内三院，“凡翰林官，仍循旧制，由内院补授”，三院名上都加“翰林”二字，内三院总人数达到一百八十余人。

内三院，为内国史院、内秘书院、内弘文院。