1989年，内蒙古自治区哲学社会科学联合会从社会科学院分出另设。

2008年，内蒙古社科院出台《内蒙古社会科学院院所文化建设意见》。

2009年，内蒙古社科院印发《内蒙古社会科学院规章制度汇编》。

截至2017年5月，内蒙古社科院拥有在职职工217人，其中：各类专业技术人员104人，享受国务院特殊津贴专家8人，自治区有突出贡献的中青年专家5人，“新世纪321人才工程”一、二层次人员9人，1名学者列入中共中央组织部联系专家行列，5名学者列入自治区领导干部联系的百名专家行列，4名学者被确定为自治区非党优秀人才，2名学者被自治区党委宣传部确定为意识形态领域“四个一批”人才，1名学者被评为“改革开放30年内蒙古最具影响力的经济人物”。

享受国务院特殊津贴专家：乔吉、潘照东等

“新世纪321人才工程”一、二层次人员：巴图赛恒、巴·布和朝鲁、王关区、萨日娜、苏雅拉图、姜月忠、白双成等

内蒙古自治区有突出贡献的中青年专家：巴特尔、王关区、苏雅拉图、苏雅拉图、潘照东

内蒙古自治区党委宣传部“四个一批”人才：王关区等

改革开放30年内蒙古最具影响力的经济人物：潘照东

截至2017年5月，内蒙古社科院设有13个研究所，4个研究中心；还有应用研发科研实体蒙古语信息技术研发中心（MIT）和设在盟市、不占编的鄂尔多斯分院、呼伦贝尔分院、乌海市分院、通辽分院和兴安盟自然资源研究所。

中国草原文化研究中心、中国社会科学院国情调研内蒙古基地、中国蒙古学学会和内蒙古草原文化研究基地设在该院。

院研究所：历史（成吉思汗）研究所、蒙古语言文字研究所、文学研究所、哲学与宗教研究所、草原文化研究所、经济研究所、牧区发展研究所、社会学研究所、政治学与法学研究所、民族研究所、俄罗斯与蒙古国研究所、公共管理研究所、城市发展研究所

院研究中心：邓小平理论研究中心、蒙古学研究中心、“三少民族”研究中心、内蒙古舆情研究中心

截至2017年5月，内蒙古自治区社会科学院图书馆拥有各类藏书26万册，其中蒙古文古籍6280种3万余册，约占全国各图书馆蒙古文古籍收藏种类的50%，其中多为木刻原版或手抄本，如金泥写本《甘珠尔》、北京版《大藏经》等值；此外，还收有相当数量的满、藏等少数民族文字的古文献、经卷等重要资料；汉文古籍3000余部5万余册，其中多为明清版本；日、俄、英、德、法等外文图书约2万册。

截至2017年5月，内蒙古社科院共出版各类著作500余部，发表论文、调研报告及学术文章7000多篇，开发蒙古语信息技术应用软件20多项；获全国精神文明建设“五个一工程”奖、国家哲学社会科学规划项目优秀奖、国家图书奖、中国图书奖和自治区哲学社会科学优秀成果等国家级、省部级各类奖项280余项，获得国家及自治区社会科学规划课题200余项。

截至2017年5月，内蒙古社科院出版有《内蒙古社会科学》（蒙汉文版）、《中国蒙古学》、《蒙古学研究年鉴》四种杂志。

《内蒙古社会科学》主要开设政治、哲学、法学、经济、文学、社会、语言、教育、历史、民族文化、蒙古国研究、西部论坛等多个栏目；为国家社科基金资助期刊、中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊、全国中文核心期刊、中国人文社会科学综合评价AMI核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊；所刊发的论文被《光明日报》、《新华文摘》、《人大复印报刊资料》等转载或摘介。

《中国蒙古学》为国际交流综合性学术双月刊，设有语言文字、文学艺术、历史文化等固定栏目及政治、经济、法律、文献等多个非固定栏目，其中历史文化栏目为特色专栏。

截至2009年7月，内蒙古社科院拥有院重点学科4个。

院重点学科：蒙古学、民族问题研究、区域经济研究、草原文化学

形状采用圆形，喻意天之圆，颜色亦采用天之蓝，地之绿，象征着内蒙古大草原，喻意着生命和活力。

办院方针：担当使命 直到而行