18世纪中叶，清政府经过数年征战与经营，不仅平定了准噶尔蒙古叛乱，而且也平定了大、小和卓的叛乱，新疆重新归于中国中央政府的管理之下，天山南北得到了统一，长达数百年的地方割据、民族分裂、战乱不止的动荡局面终于结束了。 新疆地处祖国西北，土地辽阔、地理复杂，远离内地，治理不便。再加上新疆民族众多，信仰不一，在历史上存在过许多不同民族、不同宗教的政权，各政权之间攻伐过频，造成民族间矛盾甚深。而且新疆周边国家情况复杂，环境恶劣。所以清政府在收复新疆后首先要考虑的就是如何加强治理、发展经济、安抚民生、巩固边防。为此，清政府在新疆实行军府制，是考虑到新疆当时特殊的政治、军事、经济、民族、宗教等情况，对新疆的稳定，乃至西北地区的安定起到了促进作用。

清王朝根据新疆特殊的地理状况、民族分布、历史沿革等情况，把新疆分成三大区：北路是伊犁、塔尔巴哈台地区，各设立参赞大臣，归伊犁将军直辖；南路设喀什噶尔参赞大臣，下设阿克苏、叶尔羌、和阗、库车、喀喇沙尔、乌什办事大臣，听伊犁将军节制；东路设乌鲁木齐都统，管理库尔喀喇乌苏以东，包括吐鲁番、哈密地区，也听伊犁将军节制。设伊犁为新疆的“都会”，总领全疆军政事务。但在实际执行过程中，伊犁将军对北疆的管辖力度较大，南疆事务多归参赞大臣署理。尤其是南疆，乾隆本着“因俗施治”、“齐其政不易其宜”的政策，保留了维吾尔社会固有的伯克制度，各城伯克直接管理民政，而南疆参赞大臣长期直接受命于中央政府。经过数十年的调整补充，一直到乾隆末年，新疆的军府制建置才算完成。伊犁将军虽然是总领全疆，但对地方事务的管理主要由参赞大臣负责。尤其是晚清，参赞大臣的重要性已经高于伊犁将军。