除了农耕产出与贸易收入，于阗国附近还有非常好的玉石矿资源。这对于玉文化情节浓厚的东亚贵族来说，是不可多得的优质宝石。因而他们很快就成为汉朝西域经营战略的重要一环。公元1世纪初，原本已经被莎车国吞并的他们，就在名将班超的帮助下复国。这里也就开始成为汉朝经营西域的驻军点之一。

但在当时，于阗人并没有立刻选择投入汉朝的怀抱。一方面是因为这里的居民大多属于波斯文化辐射圈内的东伊朗人口，其国王甚至以波斯式的“万王之王”自居。同时在西面，还有刚刚兴起的贵霜帝国势力存在。

所以两头称臣的于阗，很好地玩转于两个大国之间。通过贵霜势力的支持，保住自己的独立属性。又通过与汉朝的交好，吞并了附近不少地盘。甚至在汉军与贸易队伍帮助下，引进了稻米种植与桑蚕养殖。这一时期的经营，为于阗在后来纷乱的乱世中幸存，打下了基础。

一直到唐朝再次经营西域，于阗国因其地理位置险要，成为唐朝重点经营的安西四镇之一。当地的唐军不仅控制了东西方贸易的重要关口，还可以同时节制北方的突厥与南方的吐蕃。大量唐军的进驻，让于阗当地开始了一个漫长的汉化过程。内地城市的里坊制在于阗城出现，原本的部落制则继续在城市周围的乡村施行。

安史之乱中，唐朝大量招募番将来对抗安禄山的外族将领集团。于阗国王尉迟胜就相应号召，带着当地驻军为李唐王朝作战，最后自己也死在了长安。经此一乱的大唐，已经难以维系对西域的牢固掌控。不得已之下，开始逐步将权力下放给于阗的尉迟氏王族。

公元8世纪末，盛极一时的吐蕃人从南方的高原杀出。位于南疆的于阗，因为地理位置靠近青藏高原，被吐蕃人顺势吞并。但这并不意味着唐朝制度在当地的式微。相反，由于缺乏组织管理能力，吐蕃人只是在当地设立最高管理与驻军。滞留的唐朝残军与汉人后裔，继续成为城市生产的主力军。这反过来也强化了他们与于阗本地人的合流。

公元9世纪，于阗人终于利于吐蕃人的衰落，再次获得独立。尽管中原的晚唐已经无力顾及他们，于阗人还是不断遣使中原。这个种植稻米、养蚕制丝、出口玉器的绿洲番邦，基本上恢复了被吐蕃压制的唐制，自己俨然已经成为一个西域的小中国。在穆斯林势力开始在中亚获得绝对控制力后，恪守佛教信仰的于阗人继续通过与敦煌一带的汉人归义军交好，维持着通向东方的贸易线路。

公元938年，于阗国王尉迟婆跋遣使中原的后晋王朝。在被石敬瑭册封为大宝于阗国王李圣天后，整个国家似乎得到了复兴。一个由于阗、归义军和信奉佛教的回鹘势力组成的联盟，在当时的西域悄然建立。

原本信奉佛教与摩尼教的喀喇汗王朝，皈依伊斯兰教引起了于阗佛教国家的恐慌，同时改信伊斯兰教的过程中出现了不少激进的做法，也引起了佛教徒的不满。

喀喇汗人原本在中亚以锡尔河畔的怛罗斯为中心。却在波斯人的萨曼王朝攻击下，节节败退到西域的喀什噶尔。

为了强化内部组织与战斗水准，喀喇汗国毅然选择皈依伊斯兰，并通过与河中地区的穆斯林教团联合，集聚实力。当李圣天努力维系一个佛教文化圈的国际贸易同盟时，喀喇汗国的伊斯兰骑兵已经在西面的世界吹响反攻号角。

对于于阗人来说，这绝对不是一个好消息。他们过去的贸易网络，主要仰仗地区内势力之间的实力均衡。当喀喇汗人在河中等地频频获胜，一个近在咫尺的强权已经显露端倪。后者不仅以宗教教团来加强自身组织，还通过学习波斯式的中央宫廷制度，逐步强化了对麾下个部落的掌握和管理。于阗人若是不愿在日后被强大的对手威胁，就必须选择先下手为强。

962年，于阗趁着喀喇汗在与萨曼王朝周旋，东部兵力空虚的机会，大举入侵喀什噶尔，战争正式爆发。这也是自吐蕃人攻灭安西四镇后，唐系军队在西域的首次大规模出击。虽然唐朝本身在数十年前已经被推翻，但这并不妨碍他们在西域的后裔，继续以大唐风格的战术作战。

于是在喀什噶尔的佛教徒求救下，于阗的唐式步兵与高昌回鹘派来的骑兵一起，包围了喀喇汗国的首都。但双方僵持不下，于阗军撤退。此时，于阗国又得到信奉佛教的高昌回鹘的军事援助，占据了一定程度的优势。

969年，于阗军队联合高昌回鹘援军，再次大举进攻，这次于阗取得了胜利，攻占喀什噶尔的数座城镇，缴获了大批珠宝、良马和一头会跳舞的大象（和田文《于阗王尉迟苏拉与沙州大王曹元忠书》）。于阗在喀什噶尔扶植了一个名叫诺古特热西提的佛教首领，并把胜利的消息分别报告沙州统治者曹元忠和北宋王朝。但喀喇汗军队随后反扑，并收复了喀什噶尔的大部分地区。

由于喀喇汗王朝的军队基本以骑兵为主，所以无论是人马具装的铁甲骑兵还是灵活机动的轻装弓骑兵，都在攻坚战中用处有限。于阗人的军队依然是一支以步兵为主的安西军部队。在野战中保持缜密队形，就可以顶住游牧式骑兵的疯狂进攻。他们还经常直接发起围攻战，将步兵的优势做了最大化的发挥。和于阗是同盟关系的高昌回鹘，则会像过去的突厥人那样，派出同盟骑兵。这不仅抵消了喀喇汗人的骑兵优势，也可以在围攻战中承担外围警戒任务。

公元971年左右，穆萨·阿尔斯兰汗之子阿里·阿尔斯兰汗继位，于阗趁新君继位之时再次大举进攻，直达喀什噶尔城下，但锐气正盛的阿里打了一场漂亮的反击战，把于阗军压回喀什噶尔南70余公里的英吉沙一线。在这里于阗军顶住了进攻，但不甘示弱的阿里再出劲旅，一举将于阗军主力驱赶到今叶城县南部山地，双方血战7天7夜谁也无法取胜，不过于阗军损失惨重，逐渐招架不住，最终各自罢兵而归。

此后，双方之间的战争消沉了数十年，在此期间喀喇汗王朝将主力部队放在西部，对抗萨曼王朝。喀喇汗军队在战场上逐渐占据优势，最终于公元999年消灭了这个宿敌。

公元995年—996年左右，于阗趁喀喇汗主力西征之际，再次发动进攻，阿里·阿尔斯兰汗在中亚撒马尔罕闻报后，立即火速率军东救。喀什噶尔城下一战，于阗军与暴动的喀什噶尔佛教徒被迫撤退，困守喀什噶尔城之南的艾斯克萨城堡拼死抵抗，这座城位于南边的克孜勒河与东面的吐曼河之间的高地上。喀喇汗军队的主力是重甲骑兵和骑射手，缺少可靠的重步兵，因此缺乏对城堡的攻坚能力；而于阗军又有高昌回鹘所提供的弓箭兵支援，高昌回鹘人箭术高超，极其善射，他们挫败了喀喇汗步兵的进攻，当时阿里命令士兵从上游切断两条河水道断其水源，城中守军只得掘井汲水。喀喇汗军又改用地道战术向城内掘洞，又被城内发觉而挫败。

经过长达5个月的攻守战，阿里·阿尔斯兰汗最终获胜，于阗佛军与喀什噶尔佛教首领一起突围杀回于阗。于阗残余部队撤到于阗时，所剩兵力已不足出征时的三成。为防止于阗再次袭来，阿里·阿尔斯兰汗决定从喀喇汗主力中抽调一半兵力，驻守喀什噶尔，另一半兵力仍前往河中地区，同萨曼王朝作战。这一举措虽然算得上合理，但分散主力部队削弱了自身的力量。

通过这场战役，于阗人发现喀喇汗王朝的军队中，开始越来越多地出现来自中亚等地的步兵。知道自己优势即将丧失的他们，决心一劳永逸地将喀喇汗人打出西域。

公元998年，于阗佛教政权发动了对喀喇汗王朝的最后一次、也是攻势最凶猛的一次进攻，于阗所集结的兵力号称不下于15万（包括高昌回鹘、甘州回鹘、吐蕃等提供的援军），人数上占据优势，浩浩荡荡地进入喀什噶尔地区。

当阿里·阿尔斯兰汗得知于阗军第三次兴兵而来，为了复仇，他愤然挥师南下，再次与敌军对垒于英吉沙——这是喀喇汗伊斯兰王朝与于阗佛教王朝的分界线。然而，由于需要攻打布哈拉，喀喇汗王朝的大量步兵力量被留在了西线战场。

在这里，喀喇汗王朝的铁骑与越战越精的佛教大军开始接阵。第一回合，阿里的四叔侯赛因战死沙场。第二战，阿里的二叔艾山又重伤毙命。战场上，血流漂杵，阴风凄厉。悲愤万状的阿里·阿尔斯兰汗在一个惨淡的黎明向敌军发动了第三次猛攻。他亲率主力拼命搏击，在狭窄的阵地上左冲右突，要寻找敌军统帅决一死战。在最后的恶战中，喀喇汗王朝的这位最高统帅与自己的姐姐艾丽努尔公主同时战死疆场。喀喇汗大军几乎全军覆没。接着，于阗大军与东山再起的喀什噶尔暴动的佛教徒们，在鼓钹钟磬声中，把战胜者的大旗插在了喀什噶尔城头。喀喇汗王朝遭受了战争以来最为惨重的一次失利。

公元998年的英吉沙大战，几乎使喀喇汗王朝毁于一旦。在这危难之际，历史把中兴王朝的利剑交到了玉素甫·卡德尔汗（优素福·卡迪尔汗）的手中。 玉素甫·卡德尔汗是阿里· 阿尔斯兰汗的堂侄，即在公元991年配合阿里·阿尔斯兰汗进军萨曼王朝，而后于993年返回喀什噶尔途中病死的王朝副汗哈龙的长子。公元996年，当阿里·阿尔斯兰汗率军东救喀什噶尔后，玉素甫·卡德尔汗便以战功卓著的王族贵胄身份接手了中亚事务，留守在撒马尔罕一带，同时，喀喇汗王朝在这里还留守了一支强大的军队。他与阿里·阿尔斯兰汗之子阿赫麦德·阿里联手，在稳定中亚局势和开拓王朝西疆的大业中做出了可观的努力。 公元998年伊斯兰教古尔邦节的那一天，由玉索甫·卡德尔汗与阿赫麦德·阿里所率领的王朝西部大军彻底击溃了萨曼王朝残部，俘虏了该国的末代君主，在布哈拉仇敌昔日的皇宫中举行了盛大庆典。但是，就在这喜庆欢呼声中，却传来了王朝大汗阿里的死讯和王都失守的消息。乐极生悲并未给玉索甫·卡德尔汗带来惊慌失措，中亚的辉煌胜利正让他踌躇满志；王朝东部的失利，正是天将降大任进而大展雄图的良机、他深信王朝气数未尽、中兴有日。

阿斯兰汗战死的消息传到布拉哈，已经彻底歼灭宿敌萨曼王朝的优素福·卡迪尔汗成为了喀喇汗国的统治者。没有后顾之忧的喀喇汗王朝，也决心向东方发动有史以来最大的反击。

由于数十年的战争，原本作为喀喇汗突厥人自留地的喀什噶尔一带，已经在地缘政治上处于边缘位置。喀喇汗王朝不仅拿回了旧都怛罗斯，更是通过战争夺取了中亚的最大城市撒马尔罕。整个汗国的核心区域与力量源泉，都从西域转回了内亚。大量中亚，尤其是河中地区的前萨曼波斯势力，归附到他们麾下。波斯宫廷制度的引入，让汗国已经成为内亚一霸。伊斯兰宗教信仰的号召力，也将优素福·卡迪尔汗包装成了正义凛然的卫道者。

优素福·卡迪尔汗遂向中亚各地招募志愿军，从花剌子模、河中、呼罗珊募集了大量士兵，南方的突厥伽色尼王朝也派遣了一支部队，伊斯兰教圣裔、布哈拉宗教首领穆哈伊丁等4位伊玛目所募40000(一说24000)名穆斯林志愿军，也加入了东征行列。

号称多达14—15万的大军翻越帕米尔高原，从费尔干纳进入西域。于阗人则再次向四方同盟求援，召集来高昌与甘州的回鹘骑兵，吐蕃的骑马步兵和归义军的唐式步兵。双方在争夺多年的喀什噶尔城附近，展开了最终决战。

这也是于阗人的佛教联军，第一次遭遇阵容完整的波斯-突厥式军队。精锐的古拉姆奴隶重骑兵占据整个中央位置，同两侧列阵的阿拉伯-波斯步兵一起，构成了喀喇汗王朝的中央阵线。来自花剌子模、锡斯坦与加兹尼的骑兵部队则在两翼列阵。跟多通过内亚教团形式募集来的圣战炮灰，在全军的最前方构成第一道战线。卡迪尔汗自己则同最精锐的卫队一起，位于全军身后的预备队位置。

于阗一边的佛教联军，则依然按照高仙芝时代留下的唐军战术布阵。于阗军主力与军制类同的归义军占据中央阵线。50人为一队的步兵，以营为单位，组成多个楔形阵，构成了前后两线布置。高昌与甘州的回鹘骑兵，分别位于步兵阵线的两翼。吐蕃人的骑马步兵则会被用于加强步兵阵线。

战斗首先在双方的轻骑兵之间展开，同为回鹘-突厥系的双方，在你来我往中耗尽了大部分箭矢。接着，大量自愿前来的圣战者发起进攻。但装备差且没有什么组织的他们，很快就被于阗的步兵击溃。于阗人的一线步兵发起楔形阵模式下，特有的攻击优势，却也在同这些炮灰的厮杀过程中，消耗了大量体力。

这时，喀喇汗国的主力骑兵从中路杀出，冲击于阗人的步兵阵线。他们顶着于阗步兵射出的弓弩火力，冲锋到重步兵跟前。但采用双线布置的后者，依然可以用预备队来填补第一条战线上的空档。无法得手的中亚骑兵，只能暂时撤回己方步兵之间重组。

但装备更好的中亚骑兵，无疑在两翼的交战中较有优势。在很大程度上依然保持了游牧特色的回鹘人，只能通过西域与中原的有限城市，获得质量不高的盔甲与武器。他们面对的对手却可以从怛罗斯、撒马尔罕、伊斯法罕、布拉哈、加兹尼、赫拉特等地的作坊内，获得质量更高的盔甲与武器。特有的马种优势，更让内亚骑兵在同西域对手的交战中，占得先机。

根据典型的唐式军阵布置，最精锐步兵往往会在后方成为包抄对手的奇兵。但随着两翼回鹘人的被压制，他们也就陷入了与中亚铁器的混战当中。喀喇汗的步兵主力，无论是波斯人还是阿拉伯人都是非常重视使用弓箭的民族。他们在伴随骑兵前进时，也以密集火力压制对面的于阗人。完成重组的古拉姆近卫军，则反复冲击着逐步被削弱的于阗军阵线。

随着联军在战场的各处被压制，回鹘骑兵首先退出战场。来不及逃走的于阗步兵，则开始被中亚的步骑兵们逐步合围。巨大的体能消耗与不利的战场形势，最终让联军全线崩溃。喀什噶尔城内的守军，在目睹了主力部队的覆亡后，选择了投降。

喀喇汗圣战军大败于阗军队，收复喀什噶尔，继而突破库木特热瓦提一带的佛教军防线，攻克叶尔羌（今新疆莎车县）、叶城，但一位伊玛目在此阵亡，直逼于阗城下，于阗首领以及诺古特热西提等人弃城逃跑，退至昆仑山区进行游击战。但玉素甫在此时犯了战术上的错误，他留下大部分兵力驻守于阗城，自己同三位伊玛目亲率少量兵力，贸然进入自身本不熟悉的昆仑山区追击残敌，公元1000年11月11日，战线转移到今策勒县南部山地的波斯坦乡。为了激励穆斯林们的士气·喀喇汗大军在虎视耽耽的敌 军就在附近的情况下，离开战马卸下武器。进行了一次大规模礼拜。于阗佛军当然毫不犹豫如猛虎扑食般冲下山来，打得喀喇汗军一败涂地，这一场鏖战，来自剩下的三位伊玛目全部阵亡，当代在波斯坦乡还能看到有名的“四伊玛目麻扎”。玉素甫·卡德尔汗于是败北而归。这一年多的“圣战”，使喀什噶尔到于阗的千里大道两旁，留下了一座又一座被后人称为“舍依德（圣战殉难之墓）”的麻扎，到当代仍历历在目。

公元1001年（一说1004年，1006年），经过休整恢复，玉素甫·卡德尔汗再发大兵进击于阗国剩下的最后几座城池。在一场激烈的决战之后，于阗王、诺古特热西提等人战败身亡。于阗李氏王朝最终被喀喇汗王朝消灭。经过24年战争，结束了佛教在该地区千余年的统治，喀喇汗王朝疆域由此扩展到了阿克苏地区的库车。

优素福·卡迪尔汗成为和田第一位伊斯兰教统治者。此后，伊斯兰教在和田、叶尔羌等塔里木盆地西部和南部各地得以传布。

此次战争扩大了伊斯兰教的传播范围，改变了新疆地区伊斯兰教与佛教力量的对比，巩固了伊斯兰教在新疆的地位。原本在当地占据绝对优势的佛教势力，开始遭到伊斯兰扩张的打压和清算。虽然部分团体依然坚持了很长时间的佛教信仰，西域本地也依然有诸如摩尼教和涅斯托利基督教信徒存在，但整体伊斯兰化的趋势，已经不可避免。

同时，也造成了塔里木盆地西部和南部人口大量死亡，城市被毁，生产力严重破坏，经济衰落。