钮祜禄氏被册为皇后之后，于康熙十六年（1677年）十二月患病。同年十二月二十五日，康熙皇帝命御前三等侍卫萨勒让总管内务府大臣噶鲁、海拉荪二人通知总管内务府其余大臣，为皇后钮祜禄氏念经祈福。

康熙十七年（1678年）正月，康熙皇帝下令让喇嘛们为钮祜禄氏念经祈福，又让道士们在大光明殿祭星，朝中大臣也上折请求为皇后祈福。同年二月二十六日巳时，钮祜禄氏病逝于坤宁宫，时年二十岁，仅在皇后尊位上半年左右。

连续两任皇后的死，带给康熙皇帝沉重的打击，当时身为祖母的孝庄太皇太后也深受震动，亲自来到乾清门外，要进到坤宁宫为钮祜禄氏哭临。康熙皇帝坚持不肯，反复苦劝，太皇太后才回去。

康熙十七年（1678年）二月，钮祜禄氏去世后，康熙帝辍朝五日下令丧仪从简，免除了外省官员命妇的服丧穿孝，其余丧仪与孝诚仁皇后相同。内务府按照孝诚仁皇后的先例，将孝昭仁皇后奉移至北海团城西侧的空院暂安，但康熙帝不满意，认为那里没有殿也没有门，看守的人也很辛苦。七天后，下令将孝昭仁皇后的梓宫奉移至武英殿暂安。三月二十五日，梓宫被奉移至巩华城暂安。同年闰三月二十一日，为钮祜禄氏上谥号，曰孝昭皇后。同年四月，升祔奉先殿。

康熙十七年（1678年），孝昭仁皇后去世后，康熙帝降旨为她的父亲遏必隆敕立家庙，并赐康熙帝亲笔书写的榜额。这座家庙在同年十二月建成，康熙帝在御制碑文中提到，用赐丰碑来显示国家不忘故旧之恩，体现出孝昭仁皇后作为八旗勋旧世家之女所产生的特殊影响。

康熙二十年（1681年）二月，康熙帝陵寝景陵竣工，遂将仁孝皇后、孝昭皇后梓宫从巩华城移至遵化县景陵入土安葬。十七日行启奠礼，遣皇子致祭，读文、祭酒行礼。王以下、四品官以上，公主福晋以下、大臣命妇以上齐集随行礼。十九日启灵驾，所过地方五十里内文武官员于道右百步外跪迎。二十六日至陵区，暂安芦殿内，祭告天地、太庙、社稷及孝陵、山神后，移二后梓宫于地宫。

同年三月初七日，先行迁奠礼，读文致祭。初八日，设仪驾，王公大臣祭酒举哀行礼。是日吉时，康熙帝亲临，王以下满汉大臣齐集，祭酒三爵，奉移龙輴，由隧道入地宫，奉安宝床，仁孝皇后梓宫在左，孝昭皇后梓宫在右，前均置香册香宝。进地宫的人，只有皇后姻戚大臣及钦命内务府礼部、工部堂官。康熙帝于方城前亲自奠祭酒三爵，齐集王公百官举哀行礼。至此，赫舍里氏的梓宫被安葬在景陵。

康熙六十一年十二月，为钮祜禄氏上谥号为孝昭静淑明惠正和钦天顺圣皇后。雍正元年九月，为康熙帝的四位皇后的谥号都加上了“仁”字，并将他们升祔太庙，钮祜禄氏为“孝昭静淑明惠正和钦天顺圣仁皇后”。乾隆元年三月，孝昭仁皇后的谥号加上“安裕”两字。嘉庆四年五月，孝昭仁皇后的谥号加上：“端穆”两字，为“孝昭静淑明惠正和安裕端穆钦天顺圣仁皇后”。

康熙帝在册谥钮祜禄氏时评价孝昭仁皇后道：“奉事太皇太后、皇太后恪恭婉顺，殚竭孝忱，正位宫闱，节俭宽仁，克襄内治。”是一位称职的皇后。

孝昭仁皇后被册立为皇后之后，圣祖为孝昭仁皇后之父遏必隆立庙祭祀。这座庙在康熙十七年十二月建成，圣祖御制碑文内称：“孝昭仁皇后仁孝性成，温恭德著，久存屺岵之思，每深箱露之感。”“落成之日，用锡丰碑，昭国家不忘故旧之恩，示皇后永怀顾复之念。”体现出孝昭仁皇后作为八旗勋旧世家之女所产生的特殊影响。

孝昭仁皇后崩逝之后，内阁为其拟定谥号时，大学士等议奏：按谥法，慈惠爱亲曰孝，圣闻昭达日昭。皇后天性纯孝，睿德懋昭，允足垂范万世。拟谥号为孝昭皇后。得到康熙帝的认可。其谥号为“昭”，满文作“genggiycn”，意为“明澈、英明”。

康熙帝在《镶黄旗钮祜禄氏弘毅公家谱》的御制碑文内评价，孝昭仁皇后仁孝性成，温恭德著，于国有恩，于己有思，体现出孝昭仁皇后作为八旗勋旧世家之女所产生的特殊影响。

孝昭仁皇后的入宫时间和入宫时的位份，史籍没有明确的记载。根据从康熙朝内务府《奏销档》的记载，康熙八年（1669年）二位蒙古格格入宫，以及康熙十年（1671年）六位八旗格格入宫时，均没有孝昭仁皇后已在宫中的记录。康熙十三年孝诚仁皇后去逝后，档案记载中提及后宫诸位娶祭祀孝诚仁皇后，但也没有孝昭仁皇后是否已经入宫的确切记录。康熙十五年（1676年）四月，孝庄文皇后下达懿旨，将内务府仓库中的一些钗子进行分配，将其中八个钗子给即将入宫的“佟舅舅之女格格”，再将八个钗子给“乾清宫之妃”，此处的“妃”为单数，指的即是孝昭仁皇后，这是已知档案中第一次出现可以确定为孝昭仁皇后的记载。

当代学者王冕森认为，钮祜禄氏至迟在康熙十五年（1676年）四月已经入宫。具体入宫时间有两种推测：

（一）康熙十年（1671年）入宫。当年有六位八旗格格入宫，遏必隆之女庶妃钮祜禄氏有可能就在其中。但根据《奏销档》记载，康熙十年（1671年）入宫的遏必隆之女，在当时还需要乳母照顾，可见比较年幼；而孝昭仁皇后出生于顺治十六年（1659年），时年十三岁，应不需乳母照顾，因此，孝昭仁皇后钮祜禄氏于康熙十年（1671年）入宫的说法也证据不充分。

（二）康熙十五年（1676年）入宫。遏必隆次女钮祜禄氏作为既定的继皇后人选，以妃位入宫。但当时康熙皇帝的后宫主位均没有封妃的位号，也无相关典礼的记载。孝昭仁皇后被册立时，朝廷还为其“补行纳采礼、大徵礼”，有可能孝昭仁皇后是在孝诚仁皇后的丧期之内入宫，称“妃”与后来的妃位进行对比，应视为继立为皇后之前的一种短期尊称更为合适。

也有学者认为，孝昭仁皇后是在与孝诚仁皇后竞争皇后尊位失败之后，以妃的身份与孝诚仁皇后一同入宫。但王冕森认为，圣祖册立孝诚仁皇后时，孝昭仁皇后只有七岁，不可能被立为皇后，因此这种说法不可信。从已有的史料来看，康熙十五年入宫的说法更为可信。

孝昭仁皇后钮祜禄氏的死因，也有不同的说法。

通常的说法为钮祜禄氏因病而逝。根据档案记载，钮祜禄氏在康熙十六年（1677年）十二月已经患病，康熙曾命令内务府大臣和喇嘛们为皇后祈福。

法国传教士张诚曾在私人笔记中记载，钮祜禄氏与孝诚仁皇后赫舍里氏的死因相同，二人都是死于难产。

当代学者王冕森认为，对于钮祜禄氏崩逝的情况，张诚应是从别人处听来的，或许钮祜禄氏是因流产或其他产后疾病崩逝，而张诚却理解且讹传为难产。张诚所记载的钮祜禄氏是因难产而亡之事，应不属实，钮祜禄氏应是病死，但具体死因尚不明确。

钮祜禄氏与康熙十七年（1678年）二月病逝，康熙二十年（1681年）葬入景陵。(33)

按照礼制，皇帝陵寝只有皇帝与嫡妻元后合葬，其余诸妃则别建园寝。如若皇后先亡，或择别处暂时安腊，或另辟山陵。但康熙帝则开创了帝陵先葬皇后的先例，而且不止元后一人，在其景陵内，先后葬入了五位后妃分：孝诚仁皇后赫舍里氏、孝昭仁皇后钮祜禄氏、孝懿仁皇后佟佳氏、孝恭仁皇后乌雅氏和敬敏皇贵妃章佳氏。

康熙帝与五位后妃同葬在一座宝床上，中间为康熙帝，左侧为孝诚仁皇后，右侧为孝昭仁皇后，次左侧为孝懿仁皇后，次右侧为孝恭仁皇后，敬敏皇贵妃位于左侧垂手宝床。

《清实录康熙朝实录》：

康熙帝册立妃钮祜卢氏为皇后册文：

遣大学士索额图、为正使。大学士李霨、为副使。持节授妃钮祜禄氏册宝。立为皇后。册文曰、朕惟道法乾坤、内治乃人伦之本。教型家国、壸仪实王化之基。资淑德以承庥。宜正名而惇典。咨尔妃钮祜卢氏。乃公遏必隆之女也。钟祥世族。毓秀名门。性秉温庄。度娴礼法。柔嘉表范、风昭令誉于宫庭。雍肃持身、允协母仪于中外。兹仰承太皇太后慈命。以册宝立尔为皇后。尔其诚孝以奉重闱。恭俭以先嫔御。敬襄宗祀、弘开奕叶之祥。益赞朕躬、茂著雍和之治。钦哉。

《清实录雍正朝实录》：

雍正帝上孝昭仁皇后尊谥册文：

上孝昭仁皇后尊谥。册文曰。襄治化于昌朝、夙合二仪之撰。耀徽音于典册聿昭万叶之光。勋华之盛烈丕彰。任姒之芳规益播。钦惟皇妣孝昭仁皇后、性含柔顺。范表温庄。华阅钟祥、协坤贞而作则。椒涂正位、偕帝德以交辉。侍膳慈闱、克谨晨昏之奉。劳心中壸、每分宵旰之勤。箴铭茂著于彤编。褕翟久辞于丹禁。溯淑恭之懿行、茂典流光。扬蔼吉之仁风、贞珉焕彩。兹值缵承之始。弥深崇报之思。清庙森严、考彝章而合祔。宝函郑重、列俎豆以升馨。谨奉册宝、恭上尊谥曰。孝昭静淑明惠正和钦天顺圣仁皇后。伏冀在天灵爽、永贻万世之安。裕后仪型、长介亿年之福。进鸿称而允协。垂琬琰以光昭。谨言。宝文曰、孝昭静淑明惠正和钦天顺圣仁皇后之宝。

《清史稿·列传一·后妃》记载：

孝昭仁皇后，钮祜禄氏，一等公遏必隆女。初为妃。康熙十六年八月，册为皇后。十七年二月丁卯，崩。二十年，与仁孝皇后同葬。上每谒孝陵，辄临仁孝、孝昭两后陵奠醊。乾隆、嘉庆累加谥，曰孝昭静淑明惠正和安裕端穆钦天顺圣仁皇后。