公元1184年的罗马教廷的“凡罗那会议”下令各地主教，在辖区范围内，主动去调查异端份子而提出告诉，

但是主教也因为教务繁杂而无暇兼顾。亚尔比异端在法国南部漫延时，教宗依诺森三世曾经派遣特使去领导劝化的工作，对于冥顽而不悔改的人，教宗的特使有权将他逮捕，交付法庭去处理。亚尔比异端平定以后，教廷的特使，仍然继续主持对异端者的审讯，这就是宗教裁判的起源。1233年，教宗额我略九世更成立了一个永久性的机构，专门对付异端者、或是其他重大的罪恶，像施巫术之类的罪行。刚创立的方济会和道明会的会士，接受教宗的命令，主持这些机构，他们到各教区，设立调查局和特种法庭，这些机构直属罗马教廷，不必受地方主教的节制。

如果发现某人有异端的嫌疑，裁判所立刻将有嫌疑的人逮捕，进行进一步的审问。如果审问后，确实是个异端者，他必须忏悔履行判定的处罚，像朝圣、罚款、当众接受鞭笞、或是坐监一段时间；如果审问的结果，并不是异端份子，当然就可获得释放了。被判定为异端的人，也丧失了他的财产权，他的财产通常是由俗世的政府和教会平分。但是在法国，却是由法国国王独得，法国国王之所以支持宗教裁判的原因是显而易见的。如果，被告无法证明自己不是异端者，但是又拒绝承认的时候，刑求是通常惯用用的方法。宗教裁判之所以受人批评，原因也就在用刑求的残酷方法。如果悔改以后又再重犯的异端者，就由教会交给俗世的政府处以火刑，用火绕死。