对于自己在戊戌年的这一遭遇，张百熙颇不以为然，曾在一封给好友瞿鸿禨的信中表示：“百熙不肖，以暗于知人（指康有为），几获大戾（大罪），为师友辱，然区区愚忱，迫于救时，切于报国，至不顾利害而汲汲为之。”考察其措辞，似乎并不以变法为非。

光绪二十六年（1900年），八国联军侵入北京，慈禧太后携光绪帝逃至西安。张百熙赴西安谒见西逃的慈禧太后、光绪帝。当时军机处缺员，荣禄密荐张百熙、瞿鸿禨等入枢。时清廷准备实行“新政”，下诏求言，张百熙疏陈大计五端：增改官制、整理财政、变通科举、广建学堂、创立报馆，力论旧政腐败，新政切用，且举欧美各国治乱强弱之故加以说明，历历万言。但是慈禧太后厌恶他的进言“剑拔弩张，连篇累牍”，不许他入军机。同年，张百熙被任命为礼部左侍郎。

光绪二十七年（1901年）四月，慈禧太后准备自西安返回北京，特派张百熙等先行回京修理跸路。六月，命张百熙为工部尚书兼都察院左都御史。七月，补刑部尚书。张百熙回京后，核实工程，改革陋规，节省帑金近百万。又考核所属科道官员，或举或劾，一时声震天下。慈禧称赞他：“如此认真，甚属难得。”十二月，清廷派张百熙兼任管学大臣，专门负责京师大学堂的恢复和筹建事宜。《清史稿》记载，自张百熙“以人望被斯任（指主管教育）”，“海内欣然望兴学矣”。

担任管学大臣后，张百熙首先着手恢复始创于戊戌变法时期的京师大学堂。在义和团运动高潮中，慈禧太后谕令停办，学生四散，校舍封闭，藏书损失殆尽。张百熙经过细心筹划，于光绪二十八年（1902年）元月奏陈京师大学堂筹办情形，认为“是今日而再议举办大学堂，非徒整顿所能见功，实赖开拓以为要务”，计划先设预科，分政科、艺科两门，又设速成科，分仕学馆、师范馆，附设译书局。延聘著名学者吴汝纶担任大学堂中文总教习，孙诒让、蔡元培、范源廉等为教习，严复、林纾为译书局正副总办。所有教员，皆其自聘，薪金优厚，颇遭忌嫉。有言官奏：“皇朝定制，部官大率满汉相维，请更设满大臣主持教育。”于是清廷增派满人荣庆为管学大臣，以分张百熙之权。光绪二十九年（1903年）五月，又命入京觐见的湖广总督张之洞管学，会同张百熙、荣庆重新厘定学堂章程。先前，在光绪二十八年（1902年）七月，张百熙曾奏所拟各级学堂章程，包括《京师大学堂章程》《考选入学章程》《高等学堂、中学堂、小学堂章程》和《蒙学堂章程》，共六件，即所谓《钦定京师大学堂章程》，又称“壬寅学制”。章程是根据“节取欧美日本诸邦之成法，以佐我中国二千余年旧制”的原则制定的。从此，清朝开始有了全国统一的学校系统和学制规定。这一学制曾经颁布，但未在全国实行。到光绪二十九年（1903年）末，张百熙、张之洞、荣庆奏进《重订学堂章程》，即所谓《奏定学堂章程》，又称“癸卯学制”。这一学制颁布后在全国实行，它对旧中国的教育制度在组织形式上影响甚大，清末民初的新学校教育制度即脱胎于此。

在进呈《重订学堂章程》的同日，张百熙、张之洞、荣庆并奏请“递减科举，注重学堂”，建议“从下届丙午（光绪三十二年）科起，每科递减中额三分之一”，以利推广学校。这一建议得到清廷批准施行。光绪三十一年（1905年），袁世凯、张之洞等又联名奏请立停科举，科举遂停。中国实行了一千数百年的科举制度至时完全废止。

光绪三十一年（1905年）四月，张百熙调任户部尚书。十一月，清政府设立学部，以荣庆为学部尚书，张百熙的学差被全部销去，时人多为他感到不平。

光绪三十二年（1906年），载泽等出国考察宪政的五大臣先后归国，清政府决定预备仿行宪政。张百熙上疏论官制及地方自治，认为“非速定官制，则提纲挈领无以集政权于中央；非速兴地方，则至纤至微无以被精神于全国”。七月，张百熙受命与载泽等担任编纂官制大臣。九月，清政府改革官制，设邮传部，张百熙为邮传部尚书。他成为中国第一任国家邮政最高机构领导人，是中国近代邮政史上的重要人物之一。邮传部新设，时人都视为膏腴之位，争相挤入。张百熙欲多用大学堂学生，邮传部侍郎唐绍仪则想多用其乡中的豪商富侨，二人争持不下，均称病不到部视事，遭到太监传旨“申饬”羞辱。年底，抑郁成疾的张百熙请假。

光绪三十三年（1907年）二月，张百熙在北京病逝（也有“吞金自杀”的说法），享年六十岁。清廷发上谕表示悼惜之意，并“赏陀罗经被，派贝勒载洵带领侍卫十名，即时前往奠祭。加恩追赠太子少保，赏银二千两……子江苏试用道张振镛，著以道员即补；……其灵枢回籍时，著沿途地方官妥为照料，用示笃念荩臣至意”。不久后赐祭葬，赐其谥号为“文达”。墓葬在湖南长沙春华洞田村（参见“后世纪念-墓葬”部分）。

张百熙一生宦历，以担任管学大臣最为有声有色，对晚清教育颇多贡献。

光绪二十八年（1902年），张百熙出任管学大臣，被清廷委以学堂相关的一切事宜“责成经理”。他认为，原来的京师大学堂“一切因陋就简，外人往观之，重轻之，等于蒙养学堂”，实质上仍是一所封建书院。因此，张百熙废寝忘食、呕心沥血，开创基业，物色人才、改革教育制度。他在向清廷的奏折中说：“大学堂应法制详尽、规模宏远，不特为学术人心极大关系，立即为五洲万国所共观瞻。天下于是审治乱、验兴衰、辨强弱。人才之出出于此，文明之系系于此。是今日再议举办大学堂、非徒整顿所能见功，实赖开拓以为要务，断非固仍旧制，敷衍到观所能收效者也。”

为改造京师大学堂，张百熙在就任不久后便“上溯古制，参考列邦”，奏陈《筹办京师大学堂情形疏》，建议先开预备速成两科，预备科分政科、艺科，速成科分为仕学、师范两馆。“仕学馆造就已登仕版者，以应目前创办新政之需；师范馆则为中学堂教习之需。”同时“兼添设讲舍，附设编译书局，广购书籍图器。”同年七月，清廷奏准其所拟各级学堂章程六件：《京师大学堂章程》《考选入学章程》《高等学堂章程》《中学堂章程》《蒙学堂章程》，严令各省督抚责成地方官核实兴办，统称《钦定学堂章程》。这是中国第一次以政府名义规定的完整学制，称“壬寅学制”。

《钦定学堂章程》将整个学校系统以纵向分成三段七级，教育年限共20年。第一阶段为初等教育，分设三级，蒙养堂4年，寻常小学堂3年，高等小学堂3年。第二阶段为中等教育，设中学堂一级，修业4年。第三阶段为高等教育，设高等学堂（大学预料）、大学堂、大学院三级，高等学堂和大学堂均为3年，大学院不立年限。大学堂分大学预科、大学专门分科和大学院三级。大学预科又分为二科，一曰政科，设经史、政治、法律、通商、理财等目；二曰艺科，设声、电、化、农、工、医、算等目。预科三年毕业，本科三年毕业考试合格相当于现代本科，下面所设的科，相当于现代大学下面的学院；科下又分目，相当于现代大学的系；大学院相当于现代大学的研究生院。当时的分科大学共设7科35目。在横向方面，设有实业学堂和师范学堂，与高等小学堂平行的是简易实业学堂，亦3年毕业；与中学堂相当的是中等实业学堂、师范学堂；与高等学堂相当的是高等实业学堂、师范馆、仕学馆。以后的北京师范大学、北京医科大学即由师范馆、医学馆与京师大堂中的医学科演化而来。中国各省派官费留学生留学东、西洋也是从此开始的。

清政府虽然批准了《钦定学堂章程》，但对张百熙心存疑虑，认为他“喜用新进”，又有维新思想，因而对他主持制订的学堂章程不甚放心，“壬寅学制”未及施行，即遭废止。尽管如此，“壬寅学制”毕竟是中国颁发的第一个近代学制，它为后来“癸卯学制”的厘订奠定了基础。

张百熙素以偏护新学遭谤议，同时也由于“壬寅学制”制定仓促，存在诸多不足公布后即有人提出不同意见，其中湖广总督张之洞还提出了较为系统的建议。在这种情况下，张百熙与另一位管学大臣荣庆（满人）于光绪二十九年（1903年）6月以“学堂为当今第一要务，张之洞为当今第一通晓学务之人”，奏请派张之洞会同商办学务，上谕照准。同时“派张之洞会同张百熙、荣庆将现办大学堂章程一切事宜，再行切实商订；并将各省学堂章程，一律厘定”。他们在张百熙原定章程基础上“考求增补”，拟成各级普通学堂、师范学堂、实业学堂和仕学馆、译学馆、进士馆等各类学堂章程以及《家庭教育法》《任用教员章程》《实业学堂通则》《各学堂管理通则》《学务纲要》等文件上奏。清政府以《奏定学堂章程》之名颁布。这就是后来成为全国兴办各级各类学校的依据，并对中国近代学校教育产生了重大影响的“癸卯学制”。《奏定学堂章程》仍将整个学校教育系统分成三段七级，教育年限达29年至30年。第一阶段为初等教育，分设三级，蒙养院4年，初等小学堂5年，高等小学堂4年。第二阶段为中等教育，设中学堂一级，修业5年。第三阶段为高等教育，分设三级，高等学堂（或大学预科）3年，大学堂4年，通儒院5年。与上述学校系统并列的还有师范学堂和实业学堂两个系统，师范学堂分两级，和中学堂并行的是初级师范学堂5年，和高等学堂及分科大学并行的是优级师范学堂3年，共8年。在实业学堂系统中，分三级：初等实业学堂、中等实业学堂和高等实业学堂，分别和高等小学堂、中学堂、高等学堂或分科大学堂并行。此外，在实业学堂系统中，还设有艺徒学堂和实业补习普通学堂，分别和初等小学堂、高等小学堂并行。这个学制还规定，在京师设译学馆，在各省设方言学堂，这两种学堂是和高等学堂及分科大学并行的外国语学校。学制中还规定设进士馆，是为新科进士学习实用知识而特设的学堂。

“癸卯学制”，有以下几个显著的特点：一是课程设置偏重经学，二是排斥女子教育，三是实行各种奖励办法，四是禁止学生涉足政治。“癸卯学制”是中国近代施行的第一个学制，标志着中国传统教育体制的结束和系统的近代学校教育的开始。与“壬寅学制”相比，整个学校教育系统更周密，更完善，实业学堂和师范学堂自成系统，从而确立了中国近代学制的基本模式，对以后学制产生了很大的影响。“癸卯学制”一直沿用到清政权灭亡为止。

为了办好大学，张百熙十分注意延揽人才，他选定“桐城派”领袖吴汝纶为大学堂总教习。当时海内一些著名的专家学者云集门下。如阳湖古文家张筱浦任副总教习；于式枚为大学堂总办，李家驹、赵从蕃为副总办；李希圣为编书局总纂；著名翻译家严复任译书局总办，林纾任副总办；知名人士杨仁山、屠敬山、王瑶舟担任国学老师，孙治让、蔡元培担任史学教习，网罗名流、荟萃高等学府。

在修定学制的同时，鉴于教习人才的缺乏，张百熙选派40余人赴欧美日本留学，各省派官费留学生由此开始。光绪二十九年（1903年），他请奏设立教习进士馆。光绪三十一年（1905年），奏请“先设法政科、文学科、格致科、工科，以备大学豫科学生及各省高等学生毕业后之升入”，建议在广安门外瓦窑和德胜门外官地作为建造大学堂之用，并“奉旨议行”。张百熙管学期间，“拊循学生”，诚挚恳切，感人至深。留学生将要出行时，张百熙亲自送他们登车，以取得高深的学业相勉励。

张百熙致力于教育改革的目的无疑是为了稳固清王朝的统治，但他的努力客观上有利于近代教育的发展。经过张百熙的苦心经营，尽管当时的京师大学堂与现代大学相比，尚有较大差距，但毕竟在中国办起了第一所有诸多现代因素的大学堂，开了现代大学的先河，因此得到了“大学之父”的称号。

在光绪二十四年（1898年）的百日维新中，张百熙奉旨议改变武科章程，奏上十二条：编团籍、别军省、开制造、颁定式、设学堂、延教习、筹经费、严限制、考舆地、习测绘、勤操练、定考试。又奏荐康有为应经济特科，但反对康有为“用孔子纪元及七日休沐等名目”，请降旨严禁，“以维持名教”。

清末新政施行前后，张百熙提出了官制改革、地方自治两个方面的建议。在官制改革部分，张百熙认为：“任官之法，莫善于一事分任诸人，莫不善于一人普任各事。”他批评当时在京机构的官员，“今日习礼者，明日使之知兵”；地方各部门官员，“此处掌刑者，他处使之知赋”。这样的弊害不可胜言。为此，他建议要改革官制，首先必须实现官员专业化。即一方面，按与各国通商后的情况，按照业务分工，设立外务部、商部、税务部等；另一方面，各部长官，必须懂得并熟悉本部门的专业事务。既要懂得“政”，又要懂得“艺”（专业）。如此方可提高行政的效率。在地方自治部分，他指出地方情况“至纤而微”，有各种具体特殊情况，故必须制订地方自治制度。

张百熙学问渊博，擅长诗歌创作。沈曾植在《退思轩诗集序》中称其诗风“从容夷雅”， “赋景抒怀，瑰丽而情远”，不乏忧国之作。有七律云：“戎氛逼近姬周日，党祸分乘赵宋年。忧极真思蹈东海，时危忍见哭伊川。乾坤扰扰事未己，风雨潇潇秋可怜。万里敢忘心报国，诸君应有力回天。”其思想及艺术倾向与清末的同光体相类。

张百熙从小攻读经史，学习八股文；又多次担任乡试主考与副主考，提督学政、国子监祭酒，这说明他的八股文水平是不俗的。在担任国子监祭酒时，他还编过《成均课士录》第九集等八股文选本。因为对八股文的认识透辟，他深刻感受到了八股选士的弊端，所以又积极推动废除科举。

从尚存的作品来看，张百熙的八股文以善于阐述题中义理见长，且能融会义理以己意出之，这说明他对儒家经典的熟悉与理解都达到了很高的水准。他的八股文有晚明之风，善借题以道世事，颇有现实感。从文风来说，其文气势沉雄，议论精譬，对抑扬开合的技法运用自如，故文章能波澜迭起，无平板的感觉，有使人一气读下的魅力。

张百熙的书法多工整内敛，神清气秀，润朗清畅，为娟秀严谨的馆阁体，墨迹散见于颐和园排云殿、宜芸馆等处。

张百熙筹建京师大学堂时，注重藏书楼的建设。其私人藏书亦丰，在山东任学政期间，曾收有王士祯的“池北书库”、刘喜海“味经书屋”、马国翰“玉函山房”等藏书家的旧藏多种。家有“圣泽园”，收藏明刊本500余种。其子张振锽继承张氏藏书，在抗日战争中，刘承干的“嘉业堂”藏书散出之时，张氏收藏了不少。后来张氏经商失败，欲将藏书出让抵债。浙江大学校长竺可桢以建楼巨款购置而归。其中善本书有数百种。

张百熙六十寿辰时，学者林纾赠寿联道：“数湘中将相，咸由武达，我公独以文章，清标卓立朝端，宜享修龄如潞国（文彦博）；综天下胶庠，所有导师，一老为之领袖，贱子来从海上，居然便坐识荆州。”到张百熙逝世后，当时任教于京师大学堂的林纾在挽联中说：“舍零星图史无余财，可想我公贫况，送铭旌南下，一江湘水动悲风。”文人三多撰挽联道：“神州大地，旭日方升，赖公力主开通，兴学育才功最伟；宪政初基，文星顿陨，叹我夙蒙陶铸，感恩知己痛尤深。”此外还有许多开明官吏和知识界人士均撰联悼亡。

曾任邮传部参议的陈毅则撰诗三首，以示悼念：

清廷在闻知张百熙讣讯后发上谕道：“邮传部尚书张百熙，公忠清亮，学问闳通。由翰林入直南书房，叠司文柄，荐擢正卿，均能恪尽厥职，办理学务，尤著勤劳。上年调任邮传部尚书，创办伊始，正资擘画。旋因患病赏假，方冀调理就痊，长承倚畀。兹闻溘逝，悼惜殊深。”

受张百熙知遇之恩的叶恭绰赠挽联悼念道：“痛师门沉寂，邈若山河，公自有千秋，所悲十载皈依，无路相从重拜手；嗟春事阑珊，几经风雨，时方感多难，为想群伦歌哭，吁天真欲召归魂。”

赵尔巽等：“自变法议兴，凡新政特设大臣领之。（张）百熙管学务，（沈）家本修法律，并邀时誉。”

李肖聃：“其所为奏议，削切明白，杂以俪偶之体，以撼其忠爱之意，有似唐之陆贽。其诗本隐之显，词浅意深，而字字出自肝腑，有如宋之苏轼。晚清湘籍京寮，瞿张并称，鸿禨智术深沉，慎于接物，非百熙所及；而百熙宏奖英俊，维护善类，没而门人故吏，讴颂不衰，京师岳云别业之公祭，京朝官怀德慕思，有泣下者。清臣由翰林起家，得谥文达者，纪昀、阮元、裘曰修暨百熙才及五人，其誉望之重可知。”

张百熙自光绪二十八年（1902年）初开始兼任管学大臣，并主持京师大学堂。上任之初张百熙就将原美国籍总教习丁韪良辞去，改聘著名学者吴汝纶为总教习，并请清廷加封吴汝纶五品卿衔。据传，开始吴汝纶坚辞不就，张百熙备办好五品衔官服官帽亲自登门拜访，吴汝纶感其诚，应允出山，并要求去日本考察学务。一说他亲自到吴汝纶的住所跪请其出山，但这种说法被后世研究者认为不符礼制，只是人们崇尚尊师礼贤过殷愿望产生的误解，属于虚构情节。即使是《桐城吴先生日记》所记的“吾固辞，则拜跪以请”，也只是指“如果我（吴汝纶）再坚辞，张百熙就要跪拜以请”，并非真的下跪。

兄长：张祖同，为人宽宏儒雅，擅长词章创作。

儿子：张振镛，江苏试用道，张百熙死后“以道员即补”。

女儿：张氏，嫁袁世凯第三子袁克良。

曾孙：张希政

张百熙与瞿鸿禨本为同领乡荐的好友，但在西行随扈之际，瞿鸿禨得入军机处而张百熙不能，二人因此“颇有意见”。张百熙与庆亲王奕劻、袁世凯结好，与拥护肃亲王善耆的瞿鸿禨分属两派，彼此政见不同。

张百熙的政治主张和教育思想主要散见其奏折，《清史稿·艺文志》有《张百熙奏议》四卷。又有《退思轩诗集》六卷、《补遗》一卷。又编有《弘正四杰诗集》，辑明代李空同、何大复，徐迪功、边华泉四人诗作。2008年，岳麓书社出版有今人谭承耕、李龙如校点整理的《张百熙集》。

张百熙去世后，其灵枢由北京长途跋涉运回湖南长沙，光绪三十四年（1908年）8月葬于长沙县春华镇洞田村泉井冲。张百熙墓今存石碑三通，上圆下方，有边框。2005年被公布为长沙市文物保护单位。2011年被公布为湖南省文物保护单位。

张百熙去世后，其门生痛悼恩师，捐款七千两银子，拟于京师大学堂铸铜像以作纪念，后因看到张百熙身后家境清贫，遂将此款存于北京商号义善源生息，以养其遗属。不久，义善源倒闭，此款亦被乾没。京师大学堂还在陶然亭辟地建立一座纪念馆——岳云别业，馆内悬挂张百熙巨幅遗像，并陈列其各种文物和遗物。抗日战争爆发后，北京形势紧急，此馆的房地产全部交给了北京大学。

《清实录》光绪朝部分

《清史列传》卷61

《清史稿》卷443