清朝建立后，顺治元年（1644）置有甘肃巡抚，乾隆十九年（1754） 裁撤，移陕甘总督驻兰州，兼巡抚事。

清军收复新疆之战的过程中及结束后，左宗棠等人反复奏请在新疆设行省。收回伊犁后，清廷于1884年11月17日决定在新疆设置行省，添设“甘肃新疆巡抚”、“甘肃新疆布政使”各一人。1884年11月19日，清廷任命刘锦棠为甘肃新疆巡抚，任命甘肃布政使魏光焘为甘肃新疆布政使。