嘉庆十三年（1808年），命徐荣辅、沈象奎修《万机要览》，以备治国理政。

嘉庆十六年（1811年），洪景来在平安道与黄海道引发“两西大乱”，战事持续数月，洪景来最后在定州城战死而告乱平，亦曾破例提拔商贾为官员（湾商大房林尚沃曾提供粮食接济在定州与洪景来之叛乱军对峙的政府军，加上先前亦曾广发救荒盐予饥民，李玜遂决定力排众议破例提拔商贾林尚沃为地方官员）。

道光七年（1827年），命世子李旲代理听政。三年后世子去世。又过了两年，明温公主和福温公主相继去世，对李玜是不小的打击。此后他的病情更加严重。

道光十四年（1834年）十一月十三日，李玜薨逝于庆熙宫之会祥殿，享年四十五岁。庙号纯宗，谥号文安武靖英敬成孝大王（清朝赐谥“宣恪”）。咸丰七年（1857年），作为其养子而入承大统的朝鲜哲宗改庙号为纯祖。朝鲜高宗称帝后，追上四代先王帝号，为纯祖肃皇帝，加上其生前、身后所上尊号合为“纯祖渊德显道景仁纯禧体圣凝命钦光锡庆继天配极隆元敦休懿行昭伦熙化浚烈大中至正洪勋哲谟乾始泰亨昌运弘基高明博厚刚健粹精启统垂历建功裕范文安武靖英敬成孝肃皇帝”。

纯祖年间，金祖淳以“国丈”兼国王“义父”的身份控制了朝政大权。朝鲜历史上赫赫有名的安东金氏六十年的势道政治就此开始了。纯祖名义上是国王，实际上由安东金氏家族摆布。金祖淳和朴宗庆（纯祖的舅舅，绥嫔朴氏之兄）专权致使朝政腐败，引发了洪景来领导的大规模农民起义。

纯祖在位之时，朝鲜已经从过去的反清尊明转变为心甘情愿地作清朝的藩属国，不再敌视清朝。这时的朝鲜在尊崇明朝的同时仍然“尊王攘夷”，不过此时的夷已经从“满夷”变成了“洋夷”。

纯祖朝已经是朝鲜王朝最后的一段宁静时光。西方传教士对这个“隐士之国”的描述传到了欧洲，引起了更多的好奇和关注。1832年，一艘英国商船来到忠清道洪州海面，要求呈文进行交易。这是西方国家最早向朝鲜提出的贸易要求。朝鲜恪守“藩臣无外交”的规定，“恪遵法度，正言拒绝”。清朝道光帝嘉奖其忠，赐予布匹等物。

除了面临西方的贸易要求外，天主教势力也在不断地向朝鲜发展。纯祖即位的次年，朝鲜便发生了有名的“辛酉邪狱”。包括来自中国的传教士周文谟，以及朝鲜教徒李承薰、洪乐敏、金建淳等人被处死，甚至王室宗亲如正祖的弟弟、纯祖的亲叔叔恩彦君李裀（朝鲜哲宗之祖父）亦受牵连而死。纯祖以及两班士大夫认为对朝鲜威胁最大的，便是被视为邪教的天主教。在这种迫害下，朝鲜天主教被迫向偏远地区发展。

纯祖时期正值中国的嘉庆道光朝，中国经济延续康乾盛世的繁荣，购买力旺盛，对朝鲜的高档特产如人参、高丽纸、裘皮、海产干货的需求十分巨大。所以朝鲜和中国的贸易仍然繁荣兴旺。汉城、义州和开城的廛贡商人（京商、湾商、松商——义州古称“龙湾”，开城古称“松都”）每年可以给朝鲜关于带来九百八十多万两的巨额白银输入（朝鲜本土少产金银，多依赖外界输入，原先大宗从日本输入，日本锁国后改从清朝输入）。很多近代朝鲜的商业巨子便是从开城和京城的对华贸易商行发展起来的，比如大昌贸易会社、东洋物产、永信社、开城电器会社等等，其前身都是经销清鲜货物贸易的商人。义州等有商业传统的边境城镇 也因使团贸易和走私贸易而更加繁荣。由于乾隆时期中国崇尚奢靡、华丽、享乐的风气，所以当时中国的手工业高度发达，各种产品品种丰富，质量极高，朝鲜从宫廷内府到两班贵族，乃至民间百姓，无不依赖中国进口的奢侈品或日常生活用品。据统计，从朝鲜输送到清朝的商品包括马匹；貂、水獭、青鼠、豹等毛皮；海参、 鲍鱼、虾、鱼、海带等海产干货；金、银、铜、豆锡、生铁、钢铁等金属；白纸、壮纸、桑皮纸等纸张；人参、胡椒、白矾、干姜等药材；丹木、槐花等染料；梨、苹果、柿、栗等干鲜果品。从清朝输入朝鲜的有牛、羊、骡、驴、等牲畜；剪刀、镊子、针、床炉、釜、皮箱、马鞍、雨伞、木箸、算盘、梳子、纽扣、烟袋、眼 镜、瓷器、毛绵纸、斗方纸、火石、火镰、笔、墨、砚、铜壶、锡壶、指南针等日用杂货；各种金属制品如铲、犁、铧、锯等工具；金、银、铜制钱等通货；棉花、棉纱、生丝等纺织原料；各种棉布；各种锦缎绫绸；各种男女成衣、帽子、鞋袜；各种染料；各种食品；各种药材；各种书籍；乃至于进口珠宝玉石、漆器牙雕、家具古董、钗环首饰、自鸣钟、自鸣琴等西洋玩好、猫狗鹦鹉等珍禽异兽。此外还有清朝严禁出口的天文、历法、地理、历史类书籍，以及牛角、火药、硝石、硫磺等军用品，米、豆、麦等谷物，以及生丝铜铁等物，主要是由使团私带和走私进口。

这种面临失控的民间贸易引起了朝鲜政府的焦虑，纯祖时期三令五申对使用“唐物”（中国进口商品）的禁令，以宫中停用唐物为榜样，这些做法抑制了对丝绸、珠宝等奢侈品的进口。但是其他商品的进口数额仍然没有下降。因为百姓要生活，必须农具、工具和日杂用品。在朝鲜本土制造手艺低下的情况下，只能仰仗从中国进口。

纯祖的陵墓最初是定在了坡州，但这里的土色不好，而且还发现了破碎的脑石。尽管如此，相地官李时复还是到处插标木，想蒙骗众人。后来事情败露，李时复遭到三司的弹劾，并被斩首。山陵遂改定于交河的长陵（仁祖的王陵）附近，并在这里举行了葬礼。咸丰六年（1856年），仁陵被移至今天首尔江南区内谷洞的献陵（太宗陵）旁边。