1991年，朱显谟当选为中国科学院学部委员（地学部）。

1997年4月，朱显谟在全国第六次水土保持工作会议上发表了《提出黄土高原国土整治28字方略的前前后后》，引起国务院重视。

1998年，朱显谟转为中国科学院资深院士。

2002年5月，在中国科学院第十一次院士大会上，朱显谟联合刘东生、孙鸿烈、李吉均、赵其国等院士向国家有关部委提出了有关维护加强土壤水库的建议。

2017年10月11日上午10：00，朱显谟在陕西省人民医院逝世，享年102岁。

朱显谟在重庆北碚中央地质调查所土壤研究室工作期间，随指导老师侯光炯先生赴四川铜梁县调查，后至贵州、广西、湖南，抵江西泰和地区调查，先后在江西坚持工作六七年之久，对江西的土壤进行了普遍的调查和分析，并作了红壤改良试验。在工作中他除完成土壤调查制图报告外，并撰写了多篇专题试验研究论文，其中《江西省土壤志》一篇，对红壤发生分布提出了新的见解，认为江西红壤改良的方法中，以“客土”和“烧土”最为显著。

朱显谟提出华南红壤主要是古土壤和红色风化壳的残留以及红色冲积物的堆积而不是现代生物地带性土壤的观点。对国内外土壤剖面进行对比研究，明确了灰化土中的A2层不是R2O3的淋溶层而是硅的淀积层。阐明了黄土中土壤和古土壤粘化层的生物起源。对黄土和黄土高原的形成提出了风成沉积的新内容和风成黄土是黄尘自重、凝聚、雨淋三种沉积方式的融合体并赋予黄土高渗透性、高蓄水功能，并被着生生物所巩固和提高。是“整治黄土高原国土和根治黄河水患的“28字方略”和维护加强以土壤水库为本的“三库协防”的提出者。

截至2017年10月，朱显谟编著了4部专著，他还参加编写和审定了中国土壤科学界的重要著作《中国土壤》（ 1978年）以及其他一些著作，发表论文 150 余篇。以他为首的水保所科技人员撰写的《中国黄土区土壤》专文在国际土壤学会主办的《Geoderma》刊物上发表。

截至2017年10月，朱显谟先后获得国家级、省（部）级科技成果奖、科技进步奖5项。

朱显谟为西北农林科技大学水土保持研究所创建了土壤地理、土壤侵蚀、土壤肥力等研究室，以及土壤标本陈列室和黄土高原土壤侵蚀与旱地农业国家重点实验室。20世纪60年代，在朱显谟先生的倡导和组织下，建立了子午岭科学定位观测站。

在朱显谟的指导下，西北农林科技大学水土保持研究所培养出了一支专门从事土壤和土壤侵蚀研究的科技队伍；20世纪80年代朱显谟带的硕士、博士生已成为中国土壤和水土保持学家，如刘宝元、刘国彬、吴普特、李勇等。

朱显谟先后任陕西省土壤学会理事长，全国土壤学会常务理事，生态学会和自然资源研究会理事，中国科学院农业研究委员会委员，中国科学院地学部地理学组成员，黄河中游水土保持委员会委员，陕西省第五、六届人大常委会委员。

朱显谟是中国黄土区土壤及土壤侵蚀学科的开创者和奠基者，毕生致力于黄土高原水土保持与生态建设工作，著作等身，成绩卓著。朱显谟于20世纪80年代初提出了“黄土高原国土整治28字方略”，为了心中“黄河清”的梦想，半个多世纪以来，默默奉献在广袤的黄土高原，为中国黄河中游泥沙治理工作做出了巨大贡献。（西北农林科技大学评）

朱显谟给我的印象和启发是在任何困难和艰苦的条件下，都没有丝毫放松自己的科学研究，这往往是一般科学工作者难以做到的。他是一个从不人云亦云的人，他也是一个尊重别人的科学意见的人，这样的研究应是一个科学家的本色，又是一个科学家难得的品质。（刘东生院士评）

2014年9月，中国科学院水利部水土保持研究所在西北农林科技大学举行“朱显谟院士百岁华诞暨水土保持战略研究会”。中国科学院院士工作局局长李婷出席活动，并宣读中国科学院院长白春礼的贺信。西北农林科技大学校长孙其信代表学校致辞，孙鸿烈、山仑、孙九林等院士专家出席活动。

2017年10月12日20:00，在西北农林科技大学北校区小足球场举办了悼念朱显谟院士活动。

2020年12月4日，朱显谟塑像落成仪式在西北农林科技大学水土保持研究所举行。