李孝恭将缴获的战舰投放于江中。诸位将领说：“所获船舰应当为我军所用，若是弃船，则会资助贼寇。你为什么这么做？”李孝恭说：“萧铣统辖的地区，南至岭表，东达洞庭，地势险要，士卒众多。如今，萧铣沿江镇守的将士众多。如若城池还未攻下，而援兵已到来，我军就会陷入内外交困的状态。到时候舟船虽多，又有何用？如今萧铣已败，他为了稳妥起见，不会马上进兵，反而会选择反复打听战况。到那时，我军便能趁机一举攻下江陵了。”不久，萧铣的军队到达巴陵，见到李孝恭居然轻易抛弃了数百艘战舰，果然心生疑虑，不敢进攻。武德四年十月二十一日（621年11月10日），萧铣内外交困，只好向李唐投降。李渊闻之大喜，任命李孝恭为荆州大总管，并下诏让画工绘出击破萧铣的情景。

萧铣投降后，李孝恭在荆州大力开置屯田，创设铜冶，造福当地百姓。武德六年（623年），李孝恭出任襄州道行台、尚书左仆射。那时，荆襄地区虽已平定，但岭南地区还未完全平定，李孝恭派遣使者对当地官员进行招揽，岭南四十九州皆来归附李唐。

武德六年（623年），辅公祏反唐，攻占寿阳。朝廷下诏任命李孝恭为行军元帅，率兵前往九江讨伐辅公祏。李靖、李勣、黄君汉、张镇州、卢祖尚全都受李孝恭指挥。出发之前，李孝恭大飨将士，但他杯中的酒忽然变成了血色，在座之人皆大惊失色。李孝恭举止自如，从容不迫地开导他们：“祸福无依，惟人所招。我没做过什么亏心事，诸位不必为我如此忧心。辅公祏恶贯满盈，如今我依仗朝廷威势问罪于他，杯中之血，是贼臣授首的征兆而已！”

武德七年正月十一日（624年2月5日），李孝恭在枞阳击败辅公祏的别将。二月，辅公祏派兵围攻猷州，唐猷州刺史左难当环城自卫，安抚使李大亮击败辅公祏。李孝恭攻占鹊头镇。二月十二日（624年3月6日），唐行军副总管权文诞在猷州打败辅公祏的党羽，攻克枚洄等四镇。三月十六日（624年4月9日），李孝恭在芜湖击败辅公祏。

之前，辅公祏派遣部将冯惠亮、陈当世率领三万水军驻扎在博望山。陈正通、徐绍宗率领三万步兵、骑兵驻扎在青林山，并在梁山用锁链切断江中航道，修筑却月城，延绵十多里，还在长江之西构筑城垒抵抗唐军。李孝恭与李靖率领水军停泊在舒州，李勣率领一万步兵渡过淮河，攻占寿阳，驻扎在硖石。冯慧亮等人坚守壁垒不出战。于是，李孝恭派奇兵切断了冯慧亮等人的粮食运输线，冯慧亮等人因缺乏军粮，半夜派兵逼近李孝恭的军营，李孝恭坚持不出战。李孝恭召集诸位将领商议军事行动，各位将领都说：“冯慧亮等人拥有强大的军队，占据水陆两方面的险要，我军进攻不能很快奏效，不如直接进逼丹阳，出其不备袭击辅公祏的老巢，攻占丹阳后，冯慧亮等人自然会投降！”李孝恭准备采纳众将领的意见，李靖说：“辅公祏的精锐部队虽然在这里有水陆两支军队，但是他自己统率的军队也不少，如今博望的各个敌营尚且不能攻克，辅公祏凭借石头城自保，这岂是能轻易攻克的！若是进军攻打丹阳时，十天半个月也攻不下，冯慧亮等人就会从后面包围上来，我军腹背受敌，这是很危险的。冯慧亮、陈正通都是身经百战的老将，并非他们不想出战，而是因为辅公祏定下的计策让他们按兵不动，想以此拖垮我军而已。我们现在主动攻城，即可一举破敌！”李孝恭深以为然，于是，他用老弱残兵先进攻冯慧亮等人的营垒，自己统领着精兵严阵以待。攻打冯慧亮等军营垒的部队失败逃跑，冯慧亮出兵追击，追出几里地后遇到了唐军，双方交战，唐军大败冯慧亮。越州都督阚棱摘下头盔对冯慧亮的士兵说道：“你们不认识我吗？怎么胆敢与我交战！”这些士兵有很多是阚棱的旧部下，见到阚棱，他们均丧失了斗志，冯慧亮因此溃败，退守梁山。随后，李孝恭攻破梁山别镇。

冯惠亮、陈正通等人逃走，李孝恭、李靖乘胜追击他们，前后转战一百多里，辅公祏在博望山、青林山的两处部队均溃败，冯慧亮、陈正通等人的部下遭唐军杀伤、被淹死的有一万多人，最后仅剩五百名骑兵逃回丹阳。李靖的部队先到达丹阳，辅公祏大为惊慌，带着几万兵马放弃丹阳城向东逃跑，打算到会稽投靠左游仙。李勣追击辅公祏。辅公祏到句容后，随从的军队仅剩五百人，当天夜晚，辅公祏在毗陵宿营。辅公祏手下的将领吴骚、孙安等人谋划把他抓起来。辅公祏觉察到吴骚等人的意图，丢下妻子儿女，独身带领几十名心腹，冲破关卡逃走。辅公祏到达武康时，受到当地农民的攻击，西门君仪战死。当地农民捉住辅公祏，押送到丹阳。武德七年三月二十八日（624年4月21日），李孝恭下令将辅公祏处斩，传首长安。

辅公祏临死前，诬陷阚棱、杜伏威与自己谋逆。而李孝恭抄没了阚棱等人在丹阳的资产，与阚棱起了冲突。武德七年三月二十九日（624年4月22日），李孝恭以谋反罪处死了阚棱。随后，李孝恭官拜扬州大都督，江淮及岭南诸州都归他所统摄。

武德九年（626年），扬州有人诬告李孝恭谋反，李渊将李孝恭召还京师，让武士彟去做扬州都督府长史。李孝恭受到有关部门的追究盘问，但未发现他谋反的证据，于是，李孝恭被赦免，封为宗正卿，赐予实封一千二百户。此后，李孝恭历任凉州都督、晋州刺史。

贞观初年（627年），李孝恭迁任礼部尚书，改封为河间郡王，除观州刺史。

李孝恭性情奢侈豪爽，喜欢以威名镇慑四方，修筑宅第于石头城中，设立哨所往来巡察用来护卫自己。经常举办宴会，家中的歌姬舞女有一百余人。然而，李孝恭待人宽恕谦让，没有骄傲自得之色，故而李世民对他十分亲待，其他宗室的待遇均不及李孝恭。李孝恭对左右侍从说：“我住的大宅子真是太宏丽了，应该卖掉，再买座小院子，能让我住下就可以。我死之后，诸子若有才，能守住这个宅子便很好了。如果这些儿子不才，也免得这么好的大宅子便宜了别人。”

贞观十四年（640年），李孝恭在饮酒时突然发病去世，时年五十岁。李世民亲自为李孝恭素服举哀，哭的十分伤心。李世民下令追赠李孝恭为司空、扬州都督，陪葬献陵，谥号为“元”，配享李渊的庙庭。

自隋朝大业末年（615年）起，李氏家族除李世民攻灭群雄、纵横天下之外，李唐宗室中唯有李孝恭一人能独当一面，屡次立下大功，声名显赫。

义宁元年（617年），李孝恭担任山南道招慰大使，出使巴蜀地区，以重金厚礼收买各地官员，巴蜀三十多个州纷纷归降李唐。李孝恭又将朱粲部下全都无罪释放，引得多个势力皆相继归附李唐。武德六年（623年），李孝恭派遣使者对岭南官员进行招揽，于是岭南四十九州皆来归附。

武德三年（620年），李孝恭广造大船，训练士兵水战，诱使巴蜀首领子弟充作军中人质，准备进攻萧铣。武德四年（621年），李孝恭在李靖的帮助下击破萧铣的部将文士弘。随后，李孝恭抛下缴获的数百艘战舰用以迷惑敌人，顺利地擒获了萧铣。

武德六年（623年），李孝恭率兵前往九江讨伐辅公祏，击破其部将冯惠亮，乘胜攻破梁山别镇。武德七年（624年）三月，李孝恭平定辅公祏的叛乱。同时，借机处死越州都督阚棱，彻底扫除江淮及岭南诸州地方势力。

刘昫、赵莹《旧唐书》：

宋祁、欧阳修等《新唐书》：景、元子孙，当草昧之初，乘运而奋，方高祖攘除四方，所以宣力，皆显为世豪英。至河间之功，江夏之略，可谓宗室标的者也。

张预《十七史百将传》：李孝恭，少沉敏有识量。……孙子曰：‘形之，敌必从之。’孝恭纵船江中以疑贼援。又曰：‘禁祥去疑。’孝恭以杯血为授首之祥，而众心安。又曰：‘以利动之，以卒待之。’孝恭使羸兵挑贼，而待以精骑是也。”

黄道周《广名将传》：孝恭唐族，智勇无双。行循巴蜀，降者相望。众请坑戮，孝恭酌量。获降则杀，谁肯复降。进围萧铣，铣镇破亡。获其战舰，尽放满江。救谓已破，不敢直当。既知再进，铣已降唐。辅公祏反，兵寇丹阳。孝恭往讨，酒浮血光。众惊恭喜，授首之祥。既而擒斩，河间封王。

（表格参考资料）

贞观十七年（643年）二月二十八日，李世民命人画二十四功臣图于凌烟阁，皆真人大小，李孝恭名列其中，位于第二名，仅次于长孙无忌。

建中三年（782年），礼仪使颜真卿向唐德宗李适建议，追封古代名将六十四人，并为他们设庙享奠，其中就包括“唐司空河间郡王李孝恭”。北宋宣和五年（1123年），宋朝依照唐代惯例，为古代名将设庙，七十二位名将中亦包括李孝恭。

刘昫、赵莹《旧唐书·卷六十·列传第十》

宋祁、欧阳修等《新唐书·卷七十八·列传第三》