建立时正蓝旗主是莽古尔泰。1635年，已故正蓝旗主莽古尔泰被揭发意图谋反，该旗由皇太极所得，皇太极将其与自己亲领的正黄旗混编重组，成为新的正黄旗和镶黄旗，并从中分出8个牛录给予其长子豪格统领的原镶黄旗，又再次将其改色为正蓝旗。

1648年，豪格因1643年的继位之争被摄政王多尔衮陷害下狱暴亡，正蓝旗又为多尔衮所得，多尔衮将其与自己统领的正白旗混编重组，成为新的正白旗和镶白旗。同时暂时兼领正蓝旗，宣称等归政时交给顺治帝亲领。

多尔衮死后，顺治帝将正蓝旗交给多铎之子多尼。虽然此旗不由皇帝亲领，但由于多铎子孙身份地位下降，所以皇帝常安置自己的皇子于此旗。