元至元十六年（1279 年）改潮州为潮州路总管府，隶属广东道，潮州路仍领4县，仍辖“潮州三阳”，即潮州下辖的海阳、潮阳、揭阳3县合称“潮州三阳”。

元贞元年（1295年）梅州隶入潮州路，潮州路统领海阳、潮阳、揭阳、程乡4县，潮州路辖境相当于今汕头市、潮州市、揭阳市、汕尾市部分、梅州市大部。与此同时潮汕商帮仍兴盛发展，该时期东南亚逐渐成为潮人移民的第一阵地。

明洪武二年（1369年），改潮州路为潮州府，潮州府辖海阳、揭阳、潮阳、程乡4县。后又陆续分设新县，明代潮州府前后共辖海阳（今潮州）、潮阳、揭阳、程乡（今梅县）、饶平、惠来、大埔、澄海、普宁、平远、镇平11县。