更新时间：2023-10-01 18:53
在九州征伐后，熊本藩的范围大概包括加藤清正的隈本领地(北肥后)和小西行长的宇土领地(南肥后)。后者在关原之战参加西军，因战败后被德川军处死，其领土分配给加藤清正，成为52万石大名，清正时代建造熊本城，在清正管治期间，风评良好，后世称他为“清正公”。1632年，第二代藩主忠广因德川忠长事件而被处分，分配到出羽国羽冈藩，肥后熊本藩改由新领主细川氏(原丰前小仓39万石大名)管治，同时将天草半岛约2万石重新纳入熊本藩。直到废藩置县为止，由细川氏所管治。
在管治初期，召回不少加藤氏家臣及肥后国人。第二代藩主光尚早年死亡。第三代藩主纲利7岁就任。1747年第五代藩主宗孝在江户被7000石旗本板仓胜该斩死，自此将家纹改变。
1755年开设藩校时习馆，重贤进行改革，成功将熊本藩中兴。幕末时代藩内分为勤王党、时习馆党、实学党等。
1870年末代藩主护久，支持实学党，控制了藩政。1871年废藩置县后，原有领地成为了熊本县的行政区划。
加藤家
外样 52万石
清正（1587年-1611年）
忠广（1611年-1632年）
细川家
外样 54万石
忠利（1633年-1641年）
光尚（1641年-1649年）
纲利（1649年-1712年）
宣纪（1712年-1732年）
宗孝（1732年-1747年）
重贤（1747年-1785年）
治年（1785年-1787年）
齐兹（1787年-1810年）
齐树（1810年-1826年）
齐护（1826年-1860年）
韶邦（1860年-1870年）
护久（1870年-1871年）
熊本藩有两个支藩，分别是宇土藩及熊本新田藩（后改称高濑藩）。
宇土藩
1646年设立。藩厅位于宇土，藩厅位于宇土城的遗址，细川光松的从弟行孝被分为3万石，六代藩主立礼及立政曾继承熊本藩成为藩主。1870年与熊本藩合并而废藩。
细川氏、外样3万石
行孝（1646年-1690年）
有孝（1690年-1703年）
兴生（1703年-1735年）
兴里（1735年-1745年）
兴文（1745年-1772年）
立礼（1772年-1787年）后继承熊本藩改名为齐兹
立之（1787年-1818年）
立政（1818年-1826年）后继承熊本藩改名为齐护
行芬（1826年-1851年）
立则（1851年-1862年）
行真（1862年-1870年）
肥后新田藩/高濑藩
1666年第三代藩主细川纲利的弟弟利重被封于熊本藩藏米3万5千石。1870年与熊本藩合并而被废藩。
细川家、外样3万5千石
利重（1666年-1687年）
利昌（1687年-1715年）
利恭（1715年-1742年）
利寛（1742年-1767年）
利致（1767年-1781年）
利庸（1781年-1805年）
利国（1805年-1810年）
利爱（1810年-1833年）
利用（1833年-1856年）
利永（1856年-1870年）