耶律元宁出身北大王府（五院部），早年曾征伐党项夏州政权，因功授北大王府管军司徒。后又抵御宋太宗北征，因功授奉国节度，管内观察处置等使、金紫崇禄大夫、检校司徒、持节辰州诸军事、行辰州刺史、兼御史大夫、上柱国。统和十一年（993年），调任权东京统军兵马都监，随萧恒德东征高丽，在建安之南击破高丽军三千余众。他还主持在鸭绿江畔修筑来远城，任兵马都部署。数年后，迁金紫崇禄大夫、检校太保、守右监门卫上将军、兼御史大夫、上柱国。统和十六年（998年）二月，迁东京中台省左平章事，加忠义奉节功臣，进封漆水县开国子、食邑五百户。后加检校太尉。统和二十六年（1008年）六月二十九日病逝，享年七十岁。