关于“芍药居”的由来，当地有这样一个传闻：清乾隆年间，位于此地的太阳宫香火很旺。有一天，乾隆皇帝到太阳宫施香，当路过一家小店铺门前时，见店里摆着许多鲜花，并以芍药花居多，于是走了进去。他在店里转了一圈儿后，发现店铺后面有个农家小院，院内种植的芍药花开得正艳，满院芬芳，但见一位老者正精心地浇灌着芍药花。乾隆皇帝龙颜大悦，因为后宫娘娘最爱用芍药调的花蜜养颜。于是乘兴给小花店赐名“芍药居”，并要店家将芍药花进送宫里。以后村里的许多人家便开始种植芍药花，除了进送皇宫外，还远销到京城。从此，这个无名小村便依小花店之名而称“芍药居”，并一直沿用至今。

这只是一个民间传说，无任何史料可查，当地也没有种植芍药的记载。上个世纪80年代，随着芍药居小区的兴建，这里才日渐繁荣。特别是地铁13号线在此设置了“芍药居站”以后，使这一地名更为人们所熟知。芍药居站，是地铁10号线与地铁13号线换乘车站，成为一个重要的交通枢纽。