此外，在南直隶、浙江、湖广、江西、福建等田赋数额较多的省份，明朝政府还陆续建立了粮长制度。粮长的编派，大致是“以万石为率，其中田土多者为粮长，督其乡之赋税”。不久粮长还有了被称为“区”的明确的地域管辖范围，而“区”则是以“都”为基础划分的，根据税粮数的多少，有的地方是一都设置一区或数区，有的地方则是数都合并为一区。

里甲制的实态与运行表现出原则性和灵活性相结合的特征。也就是说，由于各地旧有的社会政治结构颇有不同，里甲制尽管在全国保持了大体一致的外壳，但其内容在各地却有很大差异。

上田信对无视中国地域差异的里甲制研究方法提出批评，并根据里甲制在不同地域中的实施情况，将里甲制区分为三种类型。一种他称之为华北型。在元末明初的战乱中，华北平原的人口急剧减少，明初政府不得不从山西等省大量移民，由移民编成的里甲既不存在同族关系，也不存在业主与佃户之间的阶级关系。另一种他称之为江南型。

元末明初长江三角洲地区的社会关系的基础是由田主—佃户关系构成的，朱元璋的政策基调是一方面让当地地主担任里长等职役，使之成为里甲制的根干，另一方面清除超出里甲制包容范围的豪强地主。这样做的目的是让中等规模的地主指挥自耕农和佃农，完成赋役征收、水利维持等任务。

还有一种他称之为华南型。在徽州盆地、浙东盆地、珠江三角洲等地区，地域宗族相当发达，里甲制是以宗族组织为基础编成的。上田信的区分只是从大体着眼，具有“理想型”的意义。它不排除在华北和华南也可见到内部存在着阶级分化的里甲，也不排除宗族关系在江南的里甲组织中也往往发挥着重要作用。通过这种类型学的考察，可以更加清楚地认识到，朱元璋不可能、也无意彻底改造既存的社会政治结构，只是希望通过对基层组织和生产关系的适当调整，减少社会中的矛盾冲突和不安定因素。

里甲制设立之后，明太祖为了教化的目的，又在里甲之内设立了老人制。敬老尊贤是中国传统的一种美德，历代的地方官也常常请教这些老人来解决地方上的纠纷。明太祖很重视这些老人所扮演的角色，所以在洪武二十七年（1394年），设立了老人制。规定在里甲之内，凡年龄在五十岁以上，有德行、有见识，而为大众所敬服者，每里推选三名、五名或十名老人，负责解决地方上的纠纷，督导人民勤务农桑，并且劝告人民遵守“孝顺父母，尊敬长上，和睦乡里，教训子孙，各安生理，毋作非为”等六伦之教训。这种劝人为善及勤务农桑的职责，有点像元代社长的任务。但是明代的老人的权力比社长大，他们拥有些微的司法权，可以处理地方上的小争端。明太祖对老人也相当礼遇，常常召见这些人。有功的老人，也常给予出仕的机会。明太祖可以说是历代帝王中最重视老人教化功能的一位皇帝。

除了里甲之外，明代又有乡约及保甲的组织。明代的乡约与宋代并无太大的不同，不再赘述，在此仅谈保甲组织。明代政府因有里甲制，所以未行保甲制。但有些地方官，为了治安的需要，仍然组织民众，以保卫乡里，王守仁就是其中的一位。明武宗正德十二至十五年（1517—1520年）之间，王守仁平朱宸濠之乱时，曾经设立十家牌法。规定十家注册成一牌，每天轮流由一人持牌，调查十家之内有无可疑之人，随时向地方官报告。不过，这种保甲组织仅仅是地区性的组织，并未遍及中国。所以明代地区性的保甲制与宋、清两代在中国实施的保甲制有很大的不同。到了清代，不仅把宋以来的保甲制施行于全中国，甚至把乡约法及里甲制也实施于中国各地。

2700多年前的管仲在他的《管子·立政》中就详细介绍了一种“里甲制”的管理模式，其主要内容为，居民每五家编为一伍，设一伍长，五伍为里，设一里长。然后逐级增加户数，并设立相应管理者。这样，从穷乡僻壤直到中央皇帝，就都形成了一张巨大的管理网，一切都在管理控制之中。

这样的里甲制，不但可以用于日常的治安管理，还可以用于收取税金的系统，一旦到了战争年代，甚至可以成为征集军队的体系。现代社会的户籍制度，从本质上说，与这一体系没有多大不同。

朱元璋在全国推行的里甲制度，尽管是自上而下赋予地方社会的统一的行政性组织，但却具有很大的包容性，可以容纳基于地缘和血缘而形成的各种关系和组织。

一方面，由于里甲的首要任务是提供政府所需徭役，编排时必须考虑各里之间人丁事产的均衡问题，因而对富室大户聚居的较大自然村的分割是不可避免的；另一方面，政府又试图保持既存的地缘和血缘关系的相对完整性，因而强调“凡编排里长，务不出本都”，在推行粮长制的地区也以“都”为基础划分粮长管区。可以说，朱元璋的目的并不是抛弃或打碎原有的社会组织原则和秩序，而是试图在现存的社会结构的基础上，形成人口居住、土地占有和赋役责任高度结合的机制，实现基层社会控制的一元化格局。

从《教民榜文》等文献中可以明显看出，在朱元璋的政治蓝图中，里甲的功能绝非仅限于赋役的科派和征收，每个里甲都应当是一个对地方各种公共事务统一管理的行政组织，同时也应当是一个相对封闭的且有很强集体认同感的合作社区。社区中的成员要相互帮助，也要相互监督；本社区的成员未经批准不准擅自离去，外来的成员也不能在本社区随意活动和居留。

经过一段时间的运行之后，里甲制越来越难以正常地发挥其职能。这是因为里甲制本身从一开始就包含着矛盾因素，而且其僵硬的制度外壳与不断变化的社会经济状况之间的脱节现象越来越严重。首先，里甲之间的赋役负担越来越轻重不均。里甲制是以标准户数为单位编成的基层组织，各甲、各里之间承担的徭役额是大致均等的。但是，由于各户的经济状况千差万别，还要考虑地理上的相互联属，里甲编制之初，各甲、各里的人丁事产就不可能达到完全均平的状态。

随着时间推移，各甲、各里的人丁事产“消长不齐”，“与一图而较之各图，即一甲而例之各甲，其间有什百以至千万，及倍蓰无算，诚有不能以一律齐者”，相互之间的徭役承担能力相差越来越悬殊。其次，户口与土地在空间上的分离现象越来越严重。明朝政府推行里甲制的目的，是试图在地方社会造成一个个以人口和土地的结合为基础的相对封闭的社区，这是里甲制有效行使其赋役征收和社会控制机能的前提条件。但是，在社会经济的发展、土地兼并的加剧和赋役负担的加重等因素的促动和冲击下，人口和土地的流动必然日趋兴旺和活跃。

这样，里甲内的人户和土地的分布自然会在空间上发生分离，出现“一里之地，满县纷飞，满县之田，皆无定处”的情形，甚至跨县、跨府、跨省占有田地的现象也所在多有，致使里甲首领越来越难以确切地掌握本里人户的人丁和事产状况。第三，里甲框架越来越难以包容日趋分化的社会现实。里甲制的建立虽然没有也不可能消除现存的贫富分化和阶级关系，但却是以分化不太严重的社会政治生态为基础的。但是，这种相对均衡的社会现实不可能长久维持下去，乡村社会很快就出现了越来越严重的社会分化现象，形成“奸豪吞并，单弱流亡，里或止二三甲，甲或止一二户，甚至里无一甲、甲无一户者有之”的局面。在大量占有土地却又因享有优免权而恣意逃避赋役负担的官绅地主的挤压下，构成里甲制核心的乡村中小地主阶层日趋没落，从根本上动摇了里甲统治的基础。

到明代后期，里甲制的瓦解已成为一种难以逆转的历史趋势，当时许多士大夫都已认识到这种严峻的社会现实。特别是到一条鞭法推行后，里甲组织在许多地区都已演变成为纯粹的赋税单位，江南一些地方政府甚至放弃了按户数编制里甲的传统做法，“就田取齐，另编里甲”，即完全以田亩数为标准重新编组里甲。

如常州府曾打破“皆以户编，不问田之多寡”的旧制，改为“通计一邑之田，酌以六十八亩为一甲”；嘉定县曾“就所在一扇之中，计田若干，应编排年若干，一以田为准”。这种丧失了地缘性质的里甲，自然不可能再发挥原有的社区功能。例如，在明朝初期，“乡村盗贼，责在里甲”，朱元璋谕令“若有强劫盗贼逃军逃囚及生事恶人，一人不能缉捕，里甲老人即须会集多人，擒拿赴官，违者以罪罪之”；但到中期以后，由于原编在一个里甲的人户早已分散居住，里甲不可能再发挥维持社会治安的功能，这一功能在许多地方改由纯粹按地域原则编成的保甲组织承担起来。再如，明初同里人户有“邻保相助、患难相救、疾病相扶持”的责任，朱元璋甚至试图强迫上中人户资助本里中因贫困、残疾而乞食者，规定上中人户倘若“见乞觅之人，不行资给”，则“验其家，所有粮食存留足用外，余没入官，以济贫乏”；而到了明代后期，乡民之间的互助性功能却是通过乡约以及父母会、钱会等个别结合的组织形式所实现的。在某些地区，宗族组织取代了里甲组织的大部分功能。根据学者们的研究，在福建、广东等地，明代后期的里甲户籍已演化为家族组织的代名词，甚至出现了一甲的户口越来越趋于为同一血缘集团所独占的现象。

面对着里甲制日趋解体、乡村社会矛盾日趋激化的现实，地方精英和地方政府作出种种举措和尝试，试图维持和重建乡村社会秩序，消融或缓解郁积于乡村社会的矛盾和冲突因素。在这一过程中，地方精英发挥的社会功能越来越来广泛，地方精英与地方政府在公益事务和公共管理方面的合作与渗透的程度也随之加深了。应该说，地方精英和地方政府维持和重建乡村社会秩序的努力，在一定程度上获得成功，因而朱明王朝在矛盾重重、危机四伏的环境里，仍延续了较长时间的统治。但是，这并不能从根本上解决问题。因为地方精英和地方政府对农民的政治压迫和经济剥削，正是造成乡村社会状况日趋恶化的主要根源。在维持和重建乡村社会秩序的过程中，地方精英和地方政府都力图扩张自己在赋税征收方面的控制权，并利用扩张了的权力加强对普通农民以及缺乏政治势力的中小地主阶层的经济掠夺，这导致了朱明王朝统治的全面崩溃。

学者普遍认为里甲制的编制是以“一百十户为一里”，因为《明史》中载有“（明太祖）以一百十户为一里，推丁粮多者十户为长，余百户为甲，甲凡十人，岁役里长一人，甲首一人，董一里一甲之事，先后以丁粮多寡为序，凡十年一周，曰排年。

在城曰坊，近城曰厢，乡都曰里。里编成册，册首总为一图。鳏寡孤独不任役者，附于里后为畸零。”并且《续文献通考》也有“每年有司更定其册，以丁粮增减而升降之。册凡四：一上户部，其三则布政司，府，县各存一焉。上户部者册面黄纸，故谓之黄册”。可见，黄册制度的根本在于基层的里甲制的完善，它严格要求地方上以一百十户为一里，推出丁粮多的十户为里长，剩下的一百户又分为十甲，每甲共有十户，每年在这十里长中选一里长，一甲之中选一甲首，管理一甲一里的交赋出役等诸事项。而里长和甲首人选的安排，是以每户所交和所出的粮丁多少为标准的，出丁交粮最多的那户先轮到，最少的最后轮到。这样，人人得为里长或甲首，十年以后再排序，再轮流，达到了均平的目的。以一百十户为编制，以十年为一周的里甲制度便成为了黄册制度的基础。明初以前是否推行以一百十户为一里的编制尚且难说，但在洪武十四年，明太祖第一次进行大造赋役黄册时，以一百十户为一里的编制是一定已经在中国推行的了。

以一百十户为一里的编制是比较周全的，但也有不足之处，十个里长中固然可以选出一个里长来管理全里的事务，但对于其他九位里长的监督和收赋出役的管理的事项则往往鞭长莫及。明太祖可能为了去除现行里甲制的一些弊端，或是出于简化地方基层结构更便于赋役黄册的登记等目的，于洪武二十八年，以“一百户为一里”的规定更改了里甲制的编制。这道规定势必使原来的一里之户进行新的划分，产生了新的影响。

而关于这种新的划分史书上不见记载，但其可能的情况至少有以下三种：

第一种划分的方法。在黄册制度未在全国推行以前，江南的一些地区事实上已经出现了所谓的小黄册之法，其编制的基本方法是一百户设一里长和十户甲首。

（《永乐大典》卷二二七七之《湖州府三·吴兴续志》）其虽亦分为十甲，轮流应役，但对于每百户中只设一里长，十户甲首，因而其每年在里长和甲首的编排上无法实现均平。可见这种方法是不成功的，且明太祖在起初规定里甲制的编制时，已决定在一里之中设十里长，十甲首，轮流行役。这种编制已被证明为更能实现均平，它比设立“一户里长，十户甲首”的编制更好。

第二种划分的方法。那就是仍旧设十里长，但每甲余下的九十户分为九甲，每甲十户设一甲首，并且也以户出丁粮的多寡来进行排序，正好已十年为一周，这与“编一百十户为一里”的情况大同小异，运作也基本相同，但如此在中国的范围内对里甲大动手脚，起的却是与原来差不多的效果。

第三种划分的方法。即一里之中仍设十里长和十甲首，但每甲为九户。每年由十里长之中选出二位里长，一位管理其他几位不当差里长的赋役征收，一位管理其他九位甲首的赋役征收。全里也能做到井然有序。但如此的话，实际的排年却是九年一周，也就是说，如果要造册上报的话，则实际的编册也应该九年一轮。

事实上洪武二十八年的“编百户为里”的规定，很有可能就是以采取第三种划分的方法来推行的，因为明成祖所造的第一次黄册是在永乐元年，而第二次大造黄册却是在永乐十年，其中间隔了九年，这与黄册“十年一造”的规定是不符的。但这可能就是明太祖在洪武二十八年“编百户为里”的结果。但是，从永乐十年开始的黄册大造复又以十年为周，并且一直持续到明亡。可见，“编百户为里”的规定与行政发生了冲突，简化里甲的编制与“黄册十年一造”的旧制产生了矛盾。

里甲制的编制又恢复到“一百十户为一里”并一直保留到里甲制的瓦解为止。明政府在完善了鱼鳞图册制度和黄册制度之后，便不再对里甲制度有任何的更改和变动了，明成祖及以后的明朝帝王也都极力维持这种体系。因为他们的注意力已转移到赋役的征收上面去了。当然，这也是他们制定和完善里甲制度和黄册制度，鱼鳞图册制度的根本原因。

明朝的赋役黄册制度，因外国白银的输入而产生一条鞭法的改革，使政府统治农村社会的模式，由束缚人身的户役制度走向摊丁入地的货币税制度，但是，在商业方面，明朝以里甲制控制商人的模式，不单没有因为白银的入而放松，反而有所强化。京师各仓场库员的商人，和盐政开中法下的边商内商，都如同里甲制下的百姓一样，被政府以户口登记的形式束缚人身，强制股役，而万历四十五年（1617）在两淮盐政制度中形成的纲法组织，和定期编审户口，制定徭役的里甲制，在理念上和操作上，也无分别，因此，纲法可以说是里甲制在商业上的实践，是商业里甲制。