1973年，西柏林莱尔特车站（今柏林中央车站）铺设地下管线，一名工人挖出两具保存完好的尸骨，地点与当年声称埋葬了鲍曼和斯达姆普菲格的证人所指吻合。经过仔细研究，基本上已经可以证明骸骨属于鲍曼以及希特勒私人医生施图姆芬格。法医们在两具尸骨的牙齿缝里，发现了装药剂用的细颈玻璃瓶的碎渣。专家据此估计，两人是服毒而死的。据专家推测，鲍曼离开帝国总理府后，遇到苏军炮火阻隔，绝望中服毒自杀，被当做无名尸体埋葬。

1998年，通过基因测试，正式确认该骸骨是马丁·鲍曼。

有一次，鲍曼负责为希特勒兴建别墅，他带着希特勒环视远处风景，发现别墅下面很远的地方，有一户破旧的居民房，和阿尔卑斯山的美丽风景很不相称。希特勒耸了耸肩，脸上流露出一丝遗憾，便下山去了。博尔曼看在眼里，不等希特勒离开，便立刻闪电般地行动起来。于是，他只好带着一张数目大得惊人的支票，和服从元首的劝告，让他们同意立即搬家。当希特勒在24小时后，再次往山坡下看时，在原来破旧农舍的地方，已经变成青草如茵。

过一段时间，希特勒又抱怨说，当他在别墅里的阳台上，接见感情激动的追者时，不得不站在火辣辣的太阳底下，而他的眼睛对强光很敏感。而当希特勒度假回来时，再置身阳台上时，已经有浓浓的树荫为他遮阳挡雨了。在希特勒眼里，没有鲍曼办不到的事情，自然，也就博得他的绝对信任。

还有一次，希特勒在进午餐时，在向汤里撒调味品时，心不在焉地问了一句：这是什么？鲍曼立刻离开餐桌，发狂似的往柏林打电话。几分钟后，他向希特勒报告，原原本本地说出调味品的成分。

希特勒在自杀前曾授予鲍曼“最忠实的党员”称号，但他不仅仅是最忠实的党员，他还是第三帝国残存部分的“摄政王”。而在此之前的很长一段时间，他就作为“元首秘书”和纳粹党的办公厅主任，扮演了纳粹机器中发电机的角色，掌握了极大的权力，成为纳粹德国的秘密统治者。

纳粹后代马丁·博尔曼心中父亲的形象冷酷而血腥。他记得9岁时希特勒送他一组士兵玩具作为生日礼物，他想表示感谢，却错把“万岁，我的领袖”说成“希特勒万岁，我的领袖”，挨了父亲狠狠一记耳光。长大后，马丁被送到巴伐利亚费尔达芬最严格的军事学院学习。在那里的3年，马丁每日被填鸭式灌输希特勒《我的奋斗》的思想。他心中一直有个疑问：“到底什么是德国国家社会主义（纳粹主义）？”父亲的回答很简单：“是我们领袖的希望。”

二战将要结束时，到处是一片混乱，马丁所在的学校驱散了所有学生，并配发枪支，准备为保护“千年的帝国”与敌人最后一搏。1945年5月1日午夜刚过，电台里传来希特勒倒台的消息。马丁回忆道：“我当时只是一个孩子，但是我想，天哪，末日来临了！”他跑到一家宾馆的花园里，在黑暗中听到一连串枪声，当晚有8名纳粹顽固分子自杀了。“我当时想到的只有死亡。”马丁拿出枪对准自己的脑袋，在扣动扳机的一刹那，有人拉住了他——他的一名同学也到花园里来，和马丁一样想自杀。“他阻止了我，我们阻止了对方，抱头痛哭。”

之后，马丁想回到母亲身边，但当时该地区被盟军控制，家人已经逃到了南方。在萨尔茨堡，马丁水土不服、食物中毒，无法再往南行，在假名的伪装下，他得以寄居在一位奥地利农民家。这是一位视马丁如己出的老好人，也正是这位马丁爱之甚于生父的虔诚天主教徒改变了他的一生。

马丁说：“他不是那种把信仰挂在嘴上的人，他为信仰而生，看起来知足而平静，我想我要的就是那种平静。”帮农夫养了几个月牛以后，马丁开始看报纸，上面满是关于纽伦堡审判和集中营里的恐怖生活。在马丁得知父亲被判死刑的那个晚上，他向一直给予他庇护的一家人坦白了自己的真实身份。听完马丁的“自白”，老人没有将他扭送警察局，而是鼓励他积极地面对生活。

马丁说：“我从未想过能逃出回忆，我以为将永远活在过去。1933年到1945年间发生在德国的事情是恐怖的，我感到羞愧、痛苦和无助。我必须认识到，我父亲对于纳粹所犯下的许多罪行负有责任，他强制进行大规模驱逐，强制奴役犹太人，在很多命令上都可以看到我父亲的签名。”

希特勒青年队队长亚瑟·亚克斯曼坚称，1993年巴拉圭的一份警方报告披露，1945年5月1日，鲍曼离开希特勒地堡后，从1956年开始，鲍曼就一直在该国居住，直到1959年2月才死于胃癌。

1945年5月希特勒死后，在苏联军队逼近柏林时，他与希特勒的最后一位私人医生路德维希·斯达姆普菲格与元首地堡中的其他人企图从街巷战最严重的柏林市中心突围，两人在这个过程中与其他人失散（另一说法为：他借用希特勒藏身的地下掩体逃离，此后他便神秘失踪）。

鲍曼家族的后代1996年向法兰克福最高检察官提出请求，要求通过DNA分析方法最终确认1972年挖取的2号头盖骨的真实身份。专家们从鲍曼家人身上抽取了血样，并从遗骨上取下一小块骨骼。鉴定结果发现，两种试样的遗传密码完全吻合，2号头盖骨确是德国纳粹顶级战犯马丁·鲍曼的。尸骨的嘴中有玻璃碎片，暗示他可能是吞服氰化物自杀。因此1973年4月，一家西德法庭正式宣布鲍曼死亡。然而令人起疑的是，在柏林发现的鲍曼头盖骨上，却有着巴拉圭粘土的痕迹，那种粘土柏林地区根本没有。

法国前情报官皮埃尔的著作《无法触摸》中披露二战后鲍曼并没有死，而是和前苏联、战后德国达成一项秘密交易，用纳粹秘密宝藏交换，让盟军饶他一命。1959年2月，鲍曼才在南美国家巴拉圭患癌症而去世。皮埃尔道：“我相信鲍曼1959年死在了巴拉圭，葬在了伊塔镇，然而三四年后，有人贿赂了巴拉圭墓官员，将他的遗骸带回了柏林，埋在了一个政府计划大兴土木的地方。因为鲍曼尸骼如果在柏林被发现，就可以证明他的确是在1945年死在了柏林。”皮埃尔称，调查马丁·鲍曼下落的过程充满了艰辛。他对记者道：“我认为，故意让这样一个该为纳粹暴行负责的战犯逃脱历史的审判，是非常荒谬和污秽的事。”

1948年，26岁的法国情报官员皮埃尔·菲伦特·德维尔玛莱斯特在德国和捷克斯洛伐克边境碰到了一名酷似鲍曼的路人，“我有他的通缉令，我相信那就是他”。皮埃尔将自己的发现报告了上司，但他的上司却对他的“发现”不感兴趣。据皮埃尔称，他后来又在瑞士边境的一个火车站上再次和鲍曼相遇，皮埃尔也再次向上级汇报了他的发现，上司仍没有反应。皮埃尔由此开始独自调查，发现了惊人的秘密。

皮埃尔在新书中称，马丁·鲍曼和另一名失踪的纳粹甲级战犯海因利·希勒在二战结束前，已经和前苏联战时反情报组织Smersh头子维克多·阿巴库莫夫将军达成了一项秘密协议。

据报道，马丁·鲍曼是纳粹党大笔秘密财宝下落的惟一知情人，纳粹帝国银行曾经贮藏了大量从被杀害的犹太人那里掠夺的巨额黄金、珠宝和货币，鲍曼将纳粹宝藏分散到了欧洲和南美各地。皮埃尔说：“美国和英国之所以也不愿逮捕鲍曼，是因为前西德第一任总理康拉德·阿登纳和他的顾问们也想和鲍曼做交易：阿登纳身边的一些人是鲍曼的友人，鲍曼通过友人向西德政府明确表示，他会将一部分钱返还给前西德政府，那些钱已经投资或隐藏到了24个国家。鲍曼的交易条件是：“不要抓我，我会给你们一些财富”。这就是他一直能逃脱法网的原因。

比利时《最后一点钟报》曾刊出对前纳粹主义者范·埃尔肖特的专访内容。范·埃尔肖特曾与纳粹合作，1945年从比利时越狱，逃往西班牙，在一名牧师帮忙下逃往玻利维亚，居住至1964年。范·埃尔肖特说，在一名牧师帮助下，马丁·鲍曼在玻利维亚“化身”牧师奥古斯丁·范伦巴赫，主持宗教仪式、婚礼、丧礼等。

马丁·鲍曼的父亲西奥多·鲍曼（1862年7月1日—1903年7月8日）是的一个高级邮局职员。1898年他的第一位夫人（30岁，当时两人已有两个孩子）逝世后他在同年就与同事的一个女儿（35岁）结婚。他的第二位夫人快速地给他生了三个孩子（其中第二个夭折），1903年西奥多出乎意料地逝世，从1930年至1943年两人共生了10个孩子。

他的弟弟阿尔伯特·鲍曼也是纳粹党的高级领导人之一，其夫人盖尔达是一名纳粹党法官的女儿 。

1944年1月29日，纳粹在被他们称为德国民族的纯化这一行动上又迈出了一步，他们希望加速繁殖一种所谓的雅利安优秀民族。这个计划是希特勒的私人秘书马丁·鲍曼所制定的。他认为，一个十全十美的德国人应该是一位德国党卫队军官。

为了增加被称为纳粹的日耳曼儿童的数量，博尔曼将撤销所有的社会禁忌，鼓励未婚女子去生育北欧日耳曼民族的孩子。怀孕妇女将得到被称为“生命源泉”的“培育生命团体”的照管。鲍曼计划，到大战结束时，将有1万名儿童在此团体的管理下，生活在22个大家庭中。

另外，在挪威、波兰和捷克斯洛伐克，有20万名带有雅利安（Aryan）民族血统的儿童被作为德国人来养育。鲍曼计划向那些未婚德国人和无子女夫妇征税，以此来为他的遗传淘汰规划筹措资金。