继希特勒出任德国总理、纳粹党登上国家权力舞台之后，1933年4月21日，赫斯被任命为纳粹党副元首。同年6月29日，赫斯还被任命为德国不管部长

纽伦堡审判

1935年9月24日，赫斯提到参与任命所有纳粹高级官员的授权。1936年，赫斯在德国柏林的第11届奥林匹克运动会期间结识了英国的汉密尔顿公爵，此人便是日后赫斯驾机飞往英国后求见的第一位要员。1938年2月4日，在希特勒改组军事与政治机构之际，赫斯被任命为德国秘密内阁会议成员。

1939年8月30日，赫斯成为德国国防委员会委员。就在此时，赫斯被希特勒任命为继戈林之后的元首继承人。

1939年9月1日，第二次世界大战全面爆发。1940年，纳粹德国征服西欧大陆各国，对英国实施大规模的空战。

1941年5月10日下午，赫斯与妻子伊尔莎·赫斯匆忙告别，在副官、传令官、保安官和司机的陪伴下驱车来到德国奥格斯堡机场。赫斯换上德国空军尉官制服，留给副官一封如果赫斯离开4个小时之后仍未返回就得尽快转交希特勒的信件，然后单独驾驶业已准备就绪的Me110战斗机飞往英国苏格兰，其时为中欧时间17点45分。当晚23点09分，飞临苏格兰的赫斯伞降在汉密尔顿公爵住宅区所在的格拉斯哥德国人英国国王保证赫斯的行动安全和自由意愿。5月13日至15日，英国前驻德国大使馆一等秘书伊冯·柯克帕特里克爵士奉政府之命数次与赫斯接触。6月9日，英国大法官西蒙勋爵亦曾奉丘吉尔之命与赫斯谈判。9月9日，英国飞机生产大臣比弗布鲁克勋爵在前往莫斯科进行武器装备供应谈判之前与赫斯交谈。除此之外，被转移到伦敦塔的赫斯实际上处于软禁状态，因而深感失望。

赫斯飞英之谜的主要问题包括：赫斯飞英的动机何在？赫斯飞英是自作主张，还是奉令行事？赫斯飞英纯粹是德国的一厢情愿，还是英国和德国事先有过某种默契？赫斯飞英之谜引起人们的广泛关注，不关产著作大量出版发行，但对于上述问题却是众说纷纭，莫衷一是。

赫斯的儿子沃尔夫·赫斯认为，1940年夏季行将结束之际，赫斯就在豪斯霍弗父子（他们与汉密尔顿公爵关系密切）的协助下开始拟订德国与英国停止战争，一旦德国与苏联之间爆发战争，德国最终将被迫实施两线作战。赫斯原计在中立国与英国的汉密尔顿公爵就和平协议举行谈判，后因未能得到汉密尔顿公爵的满意答复而于1940年12月决定亲自飞往英国会见汉密尔顿公爵。赫斯为此行作过精心策划。已被希特勒禁止飞行的赫斯密请梅塞施密特飞机制造公司总裁、著名的飞机设计师威利·梅塞施密特为其提供Me110战斗机并安装远程飞行训练装置，还曾集中精力学习驾驶技术和空中导航生存空间而与俄国发生战争；德国放弃对殖民地的要求并承认英国的海上霸主地位，英国则承认中欧为德国的利益范围；德国和英国之间的实力关系将得到维持，即英国不得从美国得到增援；德国将在法国陆军和海军全面解除武装之后离开维希法国，德国专员将留驻法属北非，从实现和平之日起德国部队仍将留驻利比亚5年；德国将在波兰、丹麦、荷兰、比利时和塞尔维亚建立卫星国，但在实现和平2年后将从挪威、罗马尼亚、保加利亚和希腊（克里特除外）撤出，且德国将在东面、北面、西面和南面（奥地利和捷克斯洛伐克显然仍将留在第三帝国之内）的问题圆满解决后放弃在东地中海和中东对英国地位的压力；德国将承认阿比西尼亚和红海

美国作家威廉·夏伊勒则认为，赫斯的动机是清楚的，他真诚希望同英国媾和戈林、里宾特洛甫、希姆莱、戈培尔

苏联方面长期认为赫斯飞英后曾经有过某种深入的谈判或策划，由德国和英国联合起来进攻苏联，但该项计划最终流产了。苏联方面公布的克格勃绝密文件表明赫斯飞英是英国方面诱骗的结果。英国情报部门假意答应谈判一项和平解决方案，以把赫斯骗到英国。而在希特勒于1941年6月22日进攻苏联前夕，赫斯想念能够说服英国与德国签订和平条约。这些绝密文件包括充当苏联间谍的英国人金·菲尔比的2份绝密报告。菲尔比通过他的朋友、英国外交官汤姆·杜普雷获得情报后于1941年5月22日向在伦敦的苏联情报人员报告：赫斯在飞来英国之前给汉密尔顿公爵写过信，但这封信被英国情报部门所截获；赫斯认为英国国内存在强大的反丘吉尔派，他们想利用他飞来英国同德国人媾和。因此，英国情报部门在赫斯于1941年5月11日在苏格兰降落以前，早就知道赫斯要来英国。

戈林和里宾特洛甫（请注意未通知戈培尔和希姆莱），因为赫斯约定如果使命进展顺利，就向苏黎世的姑妈拍发电报。5月11日，希特勒终日没有收到赫斯的只言片语，对赫斯使命能否成功的怀疑有所增加。当天下午，在戈林和里宾特洛甫来到上萨尔茨堡的伯格霍夫别墅之后，赫斯的副官方遭逮捕。5月12日，希特勒对赫斯或许可能成功的希望化为泡影，遂安排新闻处长迪特里希发布公报，命令博尔曼行使赫斯的职权，向小豪斯霍弗询问赫斯飞英的细节。5月12日夜晚，德国广播电台精神错乱的迹象，这使人感到党员赫斯恐怕是妄想症英国人理想主义者

沃尔夫·赫斯通过对大量事实的分析研究，认定赫斯飞英是英国情报机构设定的圈套。其中最重要的事实是，赫斯飞抵苏格兰之时，汉密尔顿公爵正在苏格半西海岸的特恩豪斯空军基地值班，通过雷达掌握有关情报，而在此之前汉密尔顿公爵曾亲自驾机升空观察。

1945年10月8日，赫斯与其他战犯一起被五花大绑，押到纽伦堡进行审判。1946年10月1日，赫斯被纽伦堡国际军事法庭判处终身监禁。1947年7月，赫斯被转移到西柏林的施潘道盟国军事监狱，编为第7号囚犯。随着1966年10月施佩尔德意志联邦共和国政府承担。

从1960年10月到1984年，纳税人为此共付出2650余万德国马克。赫斯的监狱生活是有规律的：早晨7点醒来，起床，洗漱，早餐，阅读；散步，晚餐；大约在晚上22点，眼镜被摘掉，同时熄灯。根据通信与探视条例，赫斯获准阅读指定的3份德文报纸，每月可由家人提供4本书籍作为读物，1978年起室内备有1台电视机。不过，赫斯对外部世界的了解仍然是有限的。因为赫斯不得收听新闻广播或收看有关当代历史的节目，有关第三帝国、纽伦堡和施潘道的报刊与文章事先被删剪。赫斯获准每个星期与家人来往信件各一。篇幅均不得超过1300字，且来往信件均需经过监狱长检查；每个月接受家人1名探视一次（12月份有两次），时间不得超过1个小时，且每次探视必须提前2个星期向狱方提出申请，由监狱长审核批准或予以拒绝。沃尔夫·赫斯一家长期为争取释放赫斯而努力，赫斯则声称自己不会请求宽恕，因为“对我来说我的名誉比自由更为重要”。

为了让赫斯能够在狱中安享晚年，各国政府还特别为他在施潘道军事监狱的花园里盖了一间小的避暑别墅。屋子里的陈设很简单：几把椅子，一张桌子，一张用来睡觉的木质长凳还有一盏可供赫斯读报纸的油灯。

每天都有专门的医生和护士来给他做身体检查。由于那时的赫斯已经是高龄了，医生们还为他制定了一个代码为“自相矛盾”的应急方案。也就是在赫斯病危或遇到不测之时，就会启动这套方案，对他进行特别护理。

赫斯所在的施潘道监狱由二次世界大战的战胜国美、苏、英、法四国士兵轮流看守。1987年8月是美国士兵的执勤月，这里所有的一切都平静如往昔。8月17日这一天，赫斯吃饭午饭之后，要求看守他的狱卒让他到别墅外面呼吸呼吸新鲜空气，但没过一会儿便独自进了他的小屋。然而大概在下午3点的时候，监狱警报突然拉响，“自相矛盾”应急方案也真的派上了用场。

在1987年底之时，施潘道监狱的前狱长尤金·伯德同俄罗斯新闻报记者和当年执行“自相矛盾”应急方案主要的护士阿卜杜拉赫进行了一次会面。

阿卜杜拉赫回忆说：“那天，我接到了提前安置好的应急电话，我的第一反应就是赫斯出事了。然后，我急忙奔向了施潘道监狱，那时的施潘道监狱门口已乱作一团。开始的时候，尽管看守的士兵都认识我，也知道我是经过授权可以自由进入那里，但他们却不让我进去。经过一番争执，他们终于把我放进去了，那时的我已经来不及同他们生气，飞一般的向赫斯的别墅跑去。当我推开门时，发现看守赫斯的士兵约旦在赫斯身上按来按去，动作非常的奇怪，明显那不是在为赫斯做心脏按摩。于是，我急忙把约旦推开，但那时的赫斯已经停止了呼吸，只见一根绳子像一条蛇一样紧紧地缠绕在他的脖子上面。作为一名医务工作者，只要病人有一线生机，我都不会放弃。所以，我把绳子从赫斯脖子上解开之后，一边按照‘自相矛盾’应急方案对他进行抢救，一边喊身旁的约旦来帮我。但是他站在那里一动也不动，只是向我喊道：‘没有用了，这个老鬼已经完了’。结果，‘自相矛盾’应急方案以失败而告终。没过一会儿，赫斯的尸体便被人抬到了英国军事医院。”

1987年8月17日晚间，一份官方声明震惊了整个世界：鲁道夫·沃尔特·理查德·赫斯用一根电缆线在狱中自缢身死，终年93岁。消息传出之后，赫斯的儿子立即打来电话询问内情。施潘道监狱的前狱长尤金·伯德便把他请到了施潘道监狱的办公室，告诉他到底这里发生了什么事。调查人员称，当赫斯散完步之后，便独自进了他的小别墅。进屋之前，他告诉士兵约旦不要跟着进来，他要小睡一会儿。守卫他的约旦在外面呆了大概有半个小时，突然觉得事情不妙，于是急忙推开房门。没想到映入他眼帘的竟然是这番景象：只见一根电缆绳挂在一个窗子上，赫斯把头伸到里面上吊自杀了。

官方宣称：1987年8月17日，赫斯在于柏林施潘道军事监狱内的小别墅上吊自杀身亡，享年93岁。不过当时赫斯的脖子上有绳索多次缠绕过的迹象，勒痕呈平行状，因此有不少人认为赫斯的死并不单纯。

赫斯死后，他的家人便要求律师让施潘道监狱将所有赫斯的私人物品交出来，其中包括赫斯的笔记本。然而，施潘道监狱和赫斯呆过的小别墅早已被夷为平地，赫斯所有的私人物品也跟着消失的无影无踪。据当时掌权的部门称，他们是为了防止纳粹势力余孽借机兴风作浪才把它们拆除的，赫斯的家人可以带走赫斯的尸体。

在对赫斯进行公开验尸时，英国法医詹姆士·卡梅隆证实了赫斯用电缆上吊自杀的说法。阿卜杜拉赫说：“这是绝对是一个谎言，因为我看见电缆绳当时仍然连在插座上面，赫斯脖子上的那根绳子绝对是别人从外面带来的。”而赫斯的家人怎么也不能接受这个现实。当赫斯的儿子强烈要求要对赫斯进行第二次验尸的时候，于是赫斯的尸体被运到了慕尼黑。慕尼黑法医学院在1987年8月21日对赫斯进行了第二次验尸。专家发现：死者脖子上有绳索多次缠绕过的迹象，勒痕呈平行状，没有任何自杀痕迹，实属谋杀。而赫斯的儿子沃尔夫·赫斯也说：“我对第二次的验尸结果深信不疑。因为这年，父亲可能被特赦出狱。在1987年春天的时候，父亲曾告诉我：“苏联人准备放我出去，但英国人却准备杀死我。”的确，多年来，国际社会一直呼吁四国政府以人道主义精神将赫斯释放，但都遭到了苏联的反对。但是，1985年苏联新领导人戈尔巴乔夫上台之后，莫斯科放出消息称他们可能会将赫斯释放。接着在1987年4月，德国的各大报纸纷纷报道称，戈尔巴乔夫已经正式承认，赫斯即将迎来自由的人生。

在赫斯死亡之谜的调查上绝对有很多的顾忌。赫斯，作为一个纳粹的创始人，在德国右翼分子当中的影响力非比寻常。1946年9月下旬，法庭继续对赫斯进行审讯。当赫斯否认自己有罪时，一位美国律师站起来，展示了一张纳粹组织的系统表，这张表表明：希特勒的指定接班人首先是赫斯，然后才是戈林。

报道称，即使赫斯当时真的万念俱灰，根本不可能将自己吊死。因为当时的他已患有软骨病，根本就是一个手无缚鸡之力的人，甚至连扣衣扣、系鞋带都要别人帮忙。所以，这样的人怎样怎么可能拉断一根粗长的电缆，再把它打结，把它套到自己的脖子里去呢？慕尼黑法医学院的病理学教授沃尔夫冈·史潘曾说：“如果死者是上吊死亡的，那么绳子在拉紧之后，脖子上的勒痕的方向一定是朝上的，但我们发现死者脖子上的勒痕却呈平行状。我敢打赌，死者决不是因自杀而死亡。”

赫斯被关押了长达42年之久（1945年5月—1987年8月17日），他是关押时间最长，也是级别最高的发动第二次世界大战的纳粹战犯。

赫斯单独驾机飞英之谜的真相究竟如何，人们很可能要到英国档案公布于世之后才能知晓。然而，英国封存的审讯赫斯的有关档案，未对外开放。

有关赫斯的主要英文出版物有：里斯编《鲁道夫·赫斯事件》，詹姆斯·利瑟著《鲁道夫·赫斯：未被邀请的使者》，约瑟夫·赫顿著《赫斯其人及其使命》，道格拉斯·汉密尔顿著《使命的动机：赫斯飞英的内幕故事》，尤金·伯德著《世界上最孤独的人》和沃尔夫·赫斯著《我的父亲鲁道夫·赫斯》等。