就在朝日交涉展开之际，已经下野的大院君及其势力坐不住了。1875年1月，主持对日修好的闵妃之兄闵升镐被炸死，据信是大院君党羽所为；日本新国书被公布后，身在直谷山庄的大院君致书朝鲜政府，施加压力，谴责日本国书“便是登极颁诏一般”，并强调“日本交通洋夷，迷惑邪法，学习器纳，至于剃发变服而不知其耻，是实非倭而即洋夷也，名虽倭人所纳，无异洋夷书契也”，坚决反对受理国书并与日本恢复邦交。主张接受日本国书的大臣朴珪寿多次回信劝说大院君，可是无法扭转其顽固态度。大院君虽然下野，但影响力仍然巨大，他的发声确实对闵妃集团起到相当程度的掣肘作用，是阻碍朝日交涉进展的一个重要因素。

森山茂对朝鲜的内斗颇有了解，他分析朝鲜国内存在“开化党”（原文写作开和党）和“锁攘党”两派对立的势力，并将交涉停滞归咎于大院君为首的“锁攘党”作祟，认定只有使用武力才能迫使朝鲜与日本建交。因此他请求日本“发遣军舰，测量对州（对马岛）近海，乘朝鲜国之内讧，以为我应接之声援。”即采用“炮舰外交”的模式。1875年4月15日，森山茂派他的副手广津弘信回日本，将此建议上呈外务卿寺岛宗则。太政大臣三条实美和寺岛宗则不赞成这个计划，仍要求使用和平手段，广津弘信等人转而找主管海军省的海军大辅川村纯义（河村纯义，征韩论者）商量，提出了派遣军舰测量北海西海的献议并得到批准。“云扬”号军舰首次开赴朝鲜，就是接受了这个指令而行动的。

由日本海军少佐井上良馨指挥的军舰“云扬”号并没有测量日本的海域，而是在1875年5月25日驶入朝鲜釜山海域，朝鲜东莱府的倭学训导玄昔运慌忙赴日本公馆询问军舰入港理由，森山茂的回答是：为保护日本使臣而来，东莱府使黄正渊对此予以抗议，但无效果。6月12日，“第二丁卯”号继“云扬”号驶入釜山海域，两舰借口军事演习，肆意放炮，进行各种挑衅行为。6月20日，“云扬”号和“第二丁卯”号离开釜山港，沿着朝鲜东海岸北上，测量朝鲜沿海，并侵入军事要冲永兴湾进行侦查。

不过，“云扬”号在釜山的示威适得其反，不但没有让朝鲜屈服，反而使朝鲜主流意见认为不能示弱而更加强硬，所以朝鲜政府在6月13日决定拒绝日本要求，列出三条理由：“书契之不由（对）马岛，自其外务省送来者，三百年所无之事，则其不可许接一也；交邻文字不有谦恭，称谓之间妄自尊大，则其不可许接二也；特设宴飨，实出柔远之德意，而诸般仪节顿变前规，则其不可许接三也。”6月24日，玄昔运将朝鲜政府的决定通报森山茂。6月30日，玄昔运与森山茂举行最后一次谈判，双方不欢而散。7月3日，广津弘信和大多数日本外交人员撤回日本，并向外务省请求让森山茂也撤回日本。7月19日，朝鲜政府特地派遣的译官、年过七十的原倭学训导金继运请求和森山茂谈判，却被森山茂拒绝，朝日交涉至此完全破裂。森山茂在得到外务省批准后，于9月21日撤离釜山。

在森山茂获悉朝鲜拒绝日本要求5天后的6月29日，“云扬”和“第二丁卯”结束了对朝鲜东海岸的侦查，回到了釜山，“云扬”号舰长井上良馨与森山茂进行了接触。据井上良馨晚年的回忆，当时他的原计划是去鹿儿岛补充弹药，但森山茂向他大吐苦水，抱怨朝鲜人不答应他们的要求，并请求井上良馨不要到鹿儿岛，井上良馨应森山茂的请求，转向长崎驶去。尽管井上良馨没有进一步透露森山茂的意图所在，但是后人猜测很可能是急于迫使朝鲜答应日本要求的森山茂嗾使井上良馨入侵朝鲜首都汉城（今韩国首尔）的门户——江华岛。

7月1日，井上良馨返航长崎。海军大辅川村纯义命令他去东京或神户，井上良馨提出书面抗议，于是川村纯义又命令他去北海道，井上良馨极不情愿，其后海军省才同意他率“云扬”号研究去中国牛庄的海路。与“云扬”号同行的还有“第二丁卯”、“春日丸”两艘军舰。研究去牛庄的海路只是一个幌子，真实任务是对朝鲜进行武力示威，据说这正是海军省的“内训”。准确来说，其目的地是江华岛。江华岛是朝鲜军事、政治极为敏感的要害之地，早已在江华海峡的入口立有“海门防守，他国船慎勿过”的石碑。法国在1866年（丙寅洋扰）和美国在1871年（辛未洋扰）也都在这里对朝鲜发动侵略。

当时，“云扬”号上搭乘士兵100人（包括海军陆战队员24人），“第二丁卯”号搭乘士兵76人，“春日丸”号搭乘士兵134人。3艘军舰从日本长崎出发，9月19日，“云扬”号等3艘日本军舰驶入江华湾，停泊在月尾岛附近。9月20日晨，“云扬”号向北航行，出现在江华岛东南方的兰芝岛，舰长井上良馨亲自率领20名日军乘小艇运送至沿岸探测水路（后来找了个“补充淡水”的借口），甚至逼近江华岛草芝镇炮台（日称“第三炮台”），沿途进行火力侦查，侦查的结果据日本外务卿寺岛宗则在当年10月9日对英国驻日公使巴夏礼的透露是：“我们的云扬舰……放下小艇进入海域，经过第一炮台（永宗镇）的前面，其周围筑着近二里长的城墙，大门开着，城内约有500余名士兵，城内的房屋似乎都是兵营……又来到第二、三炮台前，第二炮台（项山岛）似乎是空着的……第三炮台筑着高大的炮台壁垒，城墙上开着炮门，配置的大炮都是12—13斤左右的真输炮，枪是如同我们的二三匀筒位的火绳枪”。可见井上良馨对朝鲜的国防重地进行了仔仔细细的侦查。而“云扬”号则迅速接近草芝镇炮台，以掩护舰长井上的所乘坐的小艇。

面对日本的挑衅，朝鲜草芝镇炮台在9月20日下午4时30分对小艇开炮。小艇以步枪还击，下午5时撤回。9月21日晨，“云扬”号升起日章旗，井上命令全体成员做好战斗准备，于是向草芝镇炮台发动猛烈的炮击，但由于草芝镇官兵的顽强抵抗，日军终究无法在草芝镇登陆，转而偷袭项山岛（日称“第二炮台”），摧毁了当地军事设施和民宅。9月22日晨，井上良馨派遣日军陆战队在永宗镇（日称“第一炮台”）登陆，与当地朝鲜士兵发生交火。那里只有600多名军民和射程只有700米的30多门旧式12厘米小口径火炮，防备较薄弱。日军以2名水夫受伤（其中1人死亡）的代价，击毙了朝鲜士兵35人，俘虏16人，掳获大炮36门，火绳枪130余支，一举攻占了永宗镇。永宗佥事李敏德和400多名朝鲜兵败逃。日军在城中抢劫放火，将永宗镇变为一片废墟，原来城中有60多户人家，经过日军蹂躏后只剩下21户。朝鲜京畿道观察使闵台镐向政府这样报告当时惨状：“全军颠仆，火焰满城，民家比烧，燃及公廨”。战斗结束后，井上良馨登上永宗岛，并在同日晚以掠夺来的猪鸡牛羊设宴祝捷。9月24日，“云扬”号等3艘军舰满载战利品撤离江华湾，9月28日返回日本长崎。朝鲜半岛历史上将这次事件称为“云扬号事件”（日本通称“江华岛事件”）。

1875年9月28日，“云扬”号舰长井上良馨向日本政府发电报，声称“20日，到达朝鲜江华岛，搭上小艇正在进行测量，由于他们首先开始放炮……不得不由军舰开炮进行还击”。日本政府接便以此报告为基础向全世界宣布由于朝鲜方面对“云扬”号的“无理”的发炮行为，日方不得不进行“自卫”。而云扬号事件传到日本国内后，一些日本人欣喜若狂，欢呼“发泄八年来隐忍的绝好口实从天而降”，鼓吹借机对朝开战；另一方面，《东京日日新闻》、《朝野新闻》等舆论认为，虽然朝鲜向“云扬”号开炮，但“云扬”号既然已经报复，就没必要继续追究此事。对于当时的大久保政权来说，内治尚未完善，没有财力支持其发动大规模战争，但若放任不管的话，就会使政府丧失威信，导致在野的征韩论者得势，所以采取折衷办法，效仿1853年美国培理舰队打开日本国门的先例（黑船事件），派遣使臣问罪、以武力为后盾强迫朝鲜签订不平等条约。10月3日，大久保政权决定了同时向朝鲜和中国派遣使节的解决方针，木户孝允自荐担任出使朝鲜的大使。11月10日，外务大辅森有礼被任命为驻华公使，负责试探朝鲜的宗主国中国清朝的态度。11月20日，木户孝允脑溢血发作，左腿麻痹，因此日本政府代之以北海道开拓使黑田清隆，于12月7日正式任命。黑田清隆是萨摩人，在军队中有较高威望，且在对外方面主张稳健，为大久保利通所倚重。然而他为人暴躁、易于冲动，故日本政府又安排木户孝允的亲信、长州人井上馨充当副使，加以平衡。其时井上馨已从政界引退，在实业界活动，他标榜和平主义，起初并不愿出任使臣。经过长州同乡伊藤博文和山县有朋的苦劝、并得到事成后批准他开一个洋行的允诺，井上馨才答应出山，在12月27日接受副使任命。与此同时，大久保政权也做好了开战预备，不仅给使臣配备了护卫兵，还命令熊本、广岛两镇台做好出兵准备，一旦谈判破裂就立即进攻朝鲜，大久保政权预判战争将于1876年6、7月间爆发。美国驻日公使平安（John Armor Bingam）将《培理远征日本小史》一书赠给副使井上馨，并说：“您只要读好这本书，并照此行事，就定能在朝鲜取得成功！”一贯被认为是征韩论者的西乡隆盛跟大久保政权又唱起对台戏，指责其挑起江华岛事件并逼迫朝鲜签约的行为很不光明磊落。西乡在致同志筱原国干的信中说，日朝协议即将达成之时，大久保政权却“轻启战端”，“实属遗憾”，他认为测量时即应征得朝鲜同意，遭炮击后，也应首先谈判以澄清事态而不是洗劫永宗岛，所以西乡严厉谴责这次事件“实属背离天理之可耻行为”。

朝鲜对于“云扬号事件”大为震动，甚至开始根本不知道是日本入侵，朝鲜政府给国王的报告是：“畿沿留泊之异船，姑未知何国何地之人，而犯入内洋，已是叵测，冲火放炮，尤为可恶。此与年前抢掠之番舶一类也。”同年10月到11月，日本军舰又连续在釜山港示威；12月，日本海军士兵58人突然冲出釜山日本公馆，挥刀舞枪乱砍朝鲜军民，造成朝鲜人12名重伤。1876年1月，日本公馆代理馆长山之城祐长正式通知朝鲜：“日本国全权大臣将前往江华岛与贵国秉权大臣会议。如若大臣不出迎，将直进京城（汉城）。”面对日本的侵略，朝鲜政府内部迅速分为主战派和主和派。主战派以金炳学等原大院君派系官员为主，主和派包括闵奎镐、李最应、朴珪寿等人，他们多是闵妃集团官员。而民间则以在野的大院君和儒林为首，几乎一致反对同日本讲和，不惜与日本一战，只有个别人如吴庆锡、姜玮等开化派主张打开国门。主战与主和两派经过激烈争论，最终决定以申櫶为接见大官，尹滋承为副官，前往江华府摸清日本来意，与日本谈判。

事件的最终结果是日本强迫朝鲜签订了不平等的《江华条约》，成功打开了朝鲜的国门，并为以后朝鲜被合并为日本殖民地开辟了道路。

以往对云扬号事件的考察多是根据1875年10月8日“云扬”号舰长井上良馨所作的报告书。然而，根据后来发现的日本防卫研究所图书馆所藏的资料，事实上井上早在9月29日就已经写成了报告书。根据9月29日写成的第一次报告书，“悬挂国旗的云扬号为补充淡水在靠近海岸突遭朝鲜炮击”的说法根本站不住脚。因为最早的报告书对“淡水”只字未提，日本国旗也是事件爆发的第二天才悬挂上去的，因此云扬号事件完全可以说是日本对朝鲜的蓄意挑衅。井上良馨写的第一次报告书一直没有公开，到10月8日才按照明治政府的要求出笼了第二次报告书，在第二次报告书中虚构了“寻找淡水”、“悬挂国旗”等内容。除此之外，第二次报告书还将“云扬”号对江华岛海域的入侵由原本的3天缩减为9月20日一天之内进行，并省略了入侵项山岛的行动。井上良馨之所以要写两次报告书，是因为英国驻日公使巴夏礼急于获得真相，为了争取英、法等国的同情和支持，显示日本是一个“文明国家”，日本政府便指令井上馨捏造了“寻找淡水”、“悬挂国旗”等内容，以使其行为合法化（当时“云扬”号已经驶入朝鲜内海，但国际公法规定若寻找淡水的话是可以进入内海的，同时朝鲜无权直接炮击悬挂国旗的船只）。

“云扬”号舰长第一次报告书被韩国首尔大学李泰镇教授发现，并于2002年12月发表在论文《“云扬号事件”的真相》中。同时期在日本，东京大学铃木淳教授在《史学杂志》上也发表了引用同一个报告书的论文。由于第一次报告书的披露，云扬号事件的真相和性质遂进一步清晰。

除了少数人还在坚持云扬号事件纯属偶发事件，大多数学者都认为这是由日方蓄意挑起的事件，但对于具体是谁挑起的仍有分歧。日本方面一般认为这是作为征韩论者的井上良馨本人或海军方面“暴走”的行动，政府并不预先知情。韩国方面一般认为是日本政府精心策划的侵略行动。近来，韩国学者在影印本《伊藤博文文书》里发现了1875年9月11日（“云扬”号入侵江华岛9天前）日本政府的法律顾问、法国人保阿索纳德应工部卿伊藤博文的要求所写的关于“云扬”号的赔偿要求方法的意见书，进而推断日本政府或者说政府中的部分人参与了云扬号事件的预谋。韩国学者认为，这件事起因于森山茂和井上良馨的密谋，然后由森山茂的副手广津弘信上报日本政府。从井上良馨自釜山回国后先被调到东京和北海道等地、然后才被调去研究到牛庄的海路的变动过程来看，日本政府是经过犹豫后，最终默认其行动的。

至于日本政府为何默认，一个重要原因是当时的大久保政权所面临的危机。1875年7月以来，明治政府内以板垣退助为首的民权派和以岛津久光为首的保守派提出了“内阁分离案”，要求禁止卿兼任参议，试图限制掌权的大久保利通一派的权力。明治政府中另一派系木户孝允派则持中立立场，大久保派为了打开局面，便默认了森山茂和井上良馨的计划，因而有了“云扬”号入侵江华岛之事。此事的结果确实使大久保一派达到了目的，木户孝允在听说“云扬”号出事后，认为在这种情况下应该强化现行体制，内政上不应再有纷争，所以站在了大久保一边，促使明治天皇裁决中止“内阁分离案”，于是板垣、岛津等在10月27日集体辞职。当然，大久保政权的目的不仅仅是利用云扬号事件排除政敌，更重要的还是迫使朝鲜打开国门，缔结近代条约，以此向西方列强展示日本已经和他们一样是“文明国家”，有助于修改西方和日本签订的不平等条约。如果这种分析成立的话，那么云扬号事件可以说是大久保政权的一石三鸟之计，同时也是一个走战争边缘策略的冒险路线。

当今朝鲜和韩国都认为“云扬号事件”是日本为了打开朝鲜国门而蓄意谋划的一次侵略战争，是日本“征韩论”的实施和对朝鲜主权的挑衅，也是“炮舰外交”的典型事件。首先云扬号等军舰的所谓“研究到清国牛庄的海路”的任务就是一个障眼法，因为云扬号军舰全副武装，载有24名海军陆战队员和8门110斤“命中率非常准确”的大炮，事件爆发时云扬号连续作战3天，发炮时间在8小时以上，可见其炮弹数量非常多，因此绝不可能是单纯地测量海路的目的，而是早有预谋的侵略。行至江华岛时寻找淡水的理由也不能成立，从常识来看云扬号等军舰不可能忽略或误算人类生活基本条件的饮用水问题。日本的蓄意侵略也可从事后日本攻占永宗镇、屠杀和平居民的行为就可以看出。当时日本并未悬挂其国旗，而是一面黄色的旗帜。且日本挑衅在先，朝鲜开炮在后，而事后日本竟将责任转嫁给朝鲜，所以“歪曲‘云扬号事件’真相”也被朝韩方面认为是日本篡改历史的重要证据之一。比如朝鲜历史学学会便在2011年撰文指出：“‘云扬号事件’是1875年9月日本军舰‘云扬’号在航行途中在获得饮用水的名义下，没有任何通告、也没有升起日本国旗而在朝鲜领海江华岛草芝镇前海非法侵犯、朝鲜士兵自卫炮击的事件。”韩国历史学家李基白也称：“云扬号事件是日本人蓄意导演的一幕闹剧。”

而日本的早期主流观点则认为“云扬号事件”是云扬号军舰在测量通往清国海路过程中的一次偶发事件。日本的历史教科书这样描述道：“1875年日本军舰到达汉城（现在的韩国首都首尔）附近的沿岸进行演习与测量时突然受到朝鲜的炮击（江华岛事件），政府以此为据开始以强硬的态度与朝鲜进行交涉。”日方认为云扬号等3艘军舰的确是因为测量海深和寻找水源的单纯目的才在朝鲜江华岛一带投锚的，并不是事先预定的挑衅行为。而且当时云扬号等3艘军舰的确悬挂了日本国旗，因此朝鲜理应按照国际法给予悬挂国旗的日本军舰淡水补助。然而朝鲜草芝镇炮台却先对日本军舰开炮，这是朝鲜锁国时代遗留的排外意识的产物，同时也是朝鲜方面昧于国际公法的体现，日方是因为必要的反击才攻击炮台，而并非是蓄意挑起的。不过，也有部分日本历史学家对主流说法提出质疑，比如渡边胜美说：“虽把受炮火所击辩解为既突然又完全出乎意料，但是受击并非突然或出乎意料，而是预谋盼望受炮击。所以，我认为受炮击不仅不出乎我国意料，而且是我国所盼望的。”并指出：“这是对朝鲜当局的挑衅性行为，‘测量水路’之类只能使人想到不过是借口而已。”山边健太郎也对云扬号所谓“补充淡水”而侵入江华岛的理由质疑道：“饮用水也是值得怀疑的。因为云扬舰于9月20日经过江华岛前海，28日回到长崎，途中却未曾补充过淡水。”特别是近年来发掘的最新史料使日本的主流观点更站不住脚。目前日本和朝鲜半岛关于云扬号事件的主要分歧在于日本明治政府在事件中所扮演的角色，日本认为这是“云扬”号或海军方面的“暴走”、然后日本政府出面善后，并非日本政府蓄意侵略朝鲜而为之；朝鲜半岛则认为这是日本政府有预谋、有计划的侵略行动，至少是事先予以默认，“云扬”号只是奉命行事而已。