康熙九年，徐元文升任国子监祭酒，充任经筵讲官顺治八年和十一年的旧例，让各省两年或三、五年推举一批优等生，选送品学兼优的青少年入太学。并请求按照顺治时的办法，各置省乡试，取副榜三藩吴三桂、尚可喜之子尚之信、耿精忠）叛乱所需的军饷既多又急、朝廷迫不得已采取的权宜之计。他请求等到收复云南后，立即降诏停止捐纳。

吏部考核官员授予职衔，需要派任州县助理方面的职员不少于数千人。考取途径积弊很多，补缺授职的日子遥遥无期。可是一经授职，就会着官服

徐元文就任国子监祭酒四年，任职期间各种规章制度满族

康熙十三年（1674年）五月，徐元文升任内阁学士兼礼部侍郎、重修《太宗实录》副总裁。第二年四月，改任翰林院掌院学士，兼礼部侍郎，充任日讲起居注官。每天在弘德殿进讲，颇受康熙皇帝赞许。熊赐履任经筵孔孟程朱之学，视为思维和行为的准则。这时康熙皇帝已经22岁，讲官谈论的儒家学说四书》屡经讲解，已通晓文义，每观《资治通鉴通鉴纲目》中选择那些有关国君的品德，治国理民的方式的事例，让翰林院分别撰写讲章，他亲自审订，按照顺序为康熙皇帝讲读。聪明好学的康熙皇帝仍感到不满足，便规定讲官讲完以后，他也讲解一番，相互切磋，徐元文对此很高兴。在他进讲时，采用先儒的评论，加上自己的看法，推理发挥，务求重点突出，观点鲜明，结合现实问题立论。这一年的经筵讲读结束后，徐元文把讲义呈给康熙皇帝，希望皇上经常浏览，进一步体会。康熙皇帝对于徐元文等人讲授的《通鉴》非常满意，称赞他们览讲的各章都很精当详细。对于他的学问和处理政务都有很大帮助。为了表达他是尊师重教的，特令徐元文等讲官一讲结束后，免于行礼。

康熙十五年冬，徐元文母亲去世，去官回家服丧。康熙十八年，设立史局。二月，徐元文丧服尚未满，康熙皇帝诏令他出任《明史》监修总裁官。他到任后，请求征购民间遗书文献，推荐李清、黄宗羲、曹溶、汪懋麟、万言等共同编纂，吏部没有批准。最后，是康熙皇帝下诏批准了他的建议，但因李清、黄宗羲、曹溶三人年事已高，没能参编。

徐元文在中央官署任职，遇事敢言，从不阿谀奉承。有一次，朝中举行九卿会议推举江西按察使人选，有人推举兴泉道张仲举，御史唐朝彝极力宣扬说，张仲举在福建没有做出好的成绩。九卿准备上书弹劾唐朝彝，可是副都御史李仙根、给事中李宗孔二人不愿在书上签名，于是连这两人一起弹劾。经吏部商议，把李仙根、李宗孔降五级调用，将唐朝彝革职，康熙皇帝认为对他们的处分太重。徐元文上奏说：九卿会议推举人选，本是朝廷中正当的讨论，大家各抒己见，怎能怕有分歧呢？因意见不一致，就对他们如此处分，如果所推举的不是有才能的人，那谁还敢提出驳议与更正意见呢？而且从原则上讲通过科举途径考中可以成为后备官员的，在公布名单时，必须全部列上，在讨论推举官员时，应当允许对所推举者提出相反的意见，如果任凭一二名势力大且强暴者对持反对意见的人妄加抨击，众人只能随声附和。这样的话，后果不堪设想。康熙认为有道理，应对他们免予处分

当时三藩之乱即将平定，吴三桂绿营、八旗将士一样录用，剩下的一律遣散为民，由各道安置，参加生产。这样既可以减少俸们的开支，军需用品也可以逐渐宽裕。至于耿精忠、尚之信、孙延龄的老部下与嫡系，尤其应予解散，决不能让他们仍用藩旗的名目。三藩作乱期间，受害严重的是广东、福建、云南、贵州等省，叛贼在这些省份广征关税、贸易税，加重盐税，圈占了大量土地，无恶不作。现在，三藩已相继被消灭，而他们占夺民利破坏国政的事却由来已久，现在，朝廷大军势如雷霆，该处百姓渴望早日救他们于水火之中。应当先发布敕令

三藩之乱平定以后，有的大臣对康熙皇帝歌功颂德，请求登封泰山名实

清朝初期曾经多次下令清查大户人家隐占土地，来充裕国库的税收。规定：凡查出隐占田地的人户，或充军，或下狱。州县官吏为了升级进爵，捏造事实上报，以冒领功俸，这种现象不断出现，造成极大危害。徐元文通过查访得知：隰州蒲县左副都御史3年，兢兢业业致力于重振纲纪，整顿吏治。

他与同他同属一个等级的官吏相处非常融洽、和睦，但是遇到问题却敢于极力争辩非弄清楚不可，没有什么顾忌。关系到八旗之内的事，众人大多退缩畏惧，不敢直言，唯独徐元文敢于讲话，敢于坚持自己的主张。先后上奏弹劾福建总督姚启圣纵恣橘诈，妒功喜能；浙江副都统高国相纵兵虐民，两淮巡盐御史徇私包庇贪官。将军马哈达提出民间有很多隐名逃亡的人，请求自行拘捕，不移交地方衙门。徐元文认为不能这样。他说：文武兵民的划分，历来如此，以拘捕窝藏的逃犯为名，辗转倾害，必将扰民。满员大臣主张，应当命令以将军为主和督抚共同协商去处理。徐元文认为：这样仍然是将军为政，应当以督抚为主会同将军去处理。双方争论不已。最后，康熙皇帝听从了徐元文的主张。

康熙二十二年（1683年）冬，九卿会议推举道员王垓、胡悉宁为湖北按察使。康熙认为两人人才平庸，追问是由谁推举的。为此事，徐元文受到牵连，但是他并没有申辩，吏部商议将他降三级调用。徐元文为修史，终日孜孜不倦，经过一年的努力，完成十分之六七的传记，缮写7卷本纪，撰稿15卷列传，呈进宫内。

关于南明诸王及其史事如何处理，是《明史宋史》对益、卫二王和《辽史》对耶律大石

徐元文认为，吏治清明首先要严格官吏的选拔，清朝初年连年用兵打仗，国库已告贫匮，于是决定实行捐纳授官。规定凡是捐纳做官的人，任期满3年以后，称职的给予升迁或转任，不称职的则予以罢免。但是，却没有坚持实行下来。后来又规定3年满期，如果再有捐纳，则一律升迁转任。这样实行捐纳就造成了吏治腐败

康熙二十三年二月，康熙皇帝又命他专门管理史局，负责监修《明史》。当时，史局已建立5年，但修书未成。这时他既然不参与政事，于是便专心修史。他取来史局的人们所写的纪传稿，考订史实，参用诸家之说，以年为经以月为纬，亲自编辑。如果遇有疑难问题，就写信花钱请来熟知前朝典故的人，虚心求教，细心商榷，经常直到深夜。

《含经堂集》

《得树园诗集》

哥哥：徐乾学、徐秉义