1962年，以中国专家身份被国家派往莫斯科杜勃纳联合核系物理所计算中心工作。

1965年1月，归国后一直在北京大学任教。

1978年，北京大学计算机科学技术系成立，杨芙清担任操作系统教研室主任。

1981年，被学校任命为北京大学计算机科学与技术系副主任，主管科研工作。

1983年，担任北京大学计算机科学与技术系系主任。

1984年，被聘为博士研究生导师。

1994年11月，北京北大青鸟有限责任公司正式注册成立，杨芙清任董事长。

1991年，当选中国科学院信息技术科学部学部委员（院士）。

1993年，美国微软公司总裁比尔·盖茨首次来华访问时，他向中国郑重提出了他最想拜访的两位科学家：一位是德高望重的科学界老前辈周光召，另一位就是女科学家杨芙清。杨芙清在北京大学接待了比尔·盖茨参观了青鸟工程展览室之后，他承认中国的软件开发已达到很高的水平。

2021年10月24日，杨芙清任北京大学计算机学院名誉院长。

杨芙清主持研制成功中国第一台百万次集成电路计算机多道运行操作系统和第一个全部用高级语言书写的操作系统；开创了软件技术的基础研究领域；主持了历经四个五年计划的国家重点科技攻关项目——青鸟工程，为国家软件产业建设提供了技术基础；创建了软件工程国家工程研究中心，促进了科研成果产业化。

1969年12月，杨芙清作为总体设计组成员，参加了中国第一台百万次集成电路计算机——150机的研制任务，负责指令系统和操作系统的设计。

1973年，北京大学被邀参加了研制大型机DJS200系列的总体设计，杨芙清被任命为200系列软件总体设计组成员，并任240机软件项目负责人。

1974年，杨芙清和同事们独立设计出在当时具有世界水平的大型计算机多道运行操作系统。

根据2021年10月北京大学信息科学技术学院网站显示，杨芙清发表论文150余篇，著作10余部。

1980年，杨芙清组织和筹办了中国首届软件工程研讨会。

2006年，第28届世界软件工程大会（ICSE）邀请杨芙清作开幕式主题演讲，这是该会议自1975年创办37年以来唯一的华人学者主题报告。

自1983年起，在国家支持下，杨芙清主持了被称为“青鸟工程”的一系列大规模软件工程技术研究、系统研发和应用实践，提出了软件生产线思想，先后研制成功了软件工程核心支撑环境BETA-85、支持结构化软件开发方法的集成化软件工程支撑环境青鸟Ⅰ型系统、全面支持面向对象软件开发方法的青鸟Ⅱ型系统和以软件复用为核心的软件开发平台青鸟Ⅲ型系统。

根据2021年10月北京大学信息科学技术学院网站显示，杨芙清培养了150余名硕士、博士和博士后。

杨芙清对于教育有自己独特的理解。古人云：“师者，传道、授业、解惑也。”对于“解惑”，杨芙清提出了自己的见解。解惑是古人的看法，在现在，则应该是“启惑”，老师应该启发学生的智慧，帮助学生发现问题，让他们自己寻找解决的办法，这样才能从中体会到学问的精髓。

杨芙清一直坚持“德育为先，能力为重”，先做人，再做事，只有做好人，才能做好事。“开拓、进取、勤奋、认真”这八个字贯穿了她的一生，也是她为人为师、做学问的宗旨。

杨芙清提出“人才培养与产业建设互动”的理念，创建了以新机制、新模式办学的示范性软件学院；提出了“三类三级”的软件工程教育体系。制定了“面向国家战略需求，培养高端工程技术创新型人才及其创新团队”的工程博士培养目标，提出了“工程技术与工程管理相结合，工程博士研究生培养与其团队技术骨干培养相结合”的培养模式。设计了“校企深度融合的开放式工程博士专业学位研究生”培养体系，提出了工程博士研究生需要具备“战略思维、国际视野、人文素养、工程创新能力、组织协调能力和团队凝聚能力”六大能力。

1974年，杨芙清完成150机操作系统后，就及时把在操作系统研制中的实践经验整理成《管理程序》，成为当时从事计算机系统研制者们的启蒙教材，也成为操作系统的第一代教材。

杨芙清对“团队”特别重视。“软件学科是工程学科，本身就是群体行为，任何一个项目一个人都是做不出来的，只有团队协作才可能办好事情，”杨芙清说，“过去讲个人奋斗，个人的奋斗很关键。但科学发展到今天，科研工作需要一批人、一代代接力棒似的去完成。”

杨芙清倡导和推动成立北京大学计算机科技系，1983—1999年担任系主任期间，将该系建成中国国内一流和国际知名的计算机科学技术研究和人才培养基地。在中国国内率先倡导软件工程研究，创办了国内第一个软件工程学科。2002年，负责筹备和建设的北京大学软件学院成立。

杨芙清的父母望着女儿花朵般的小脸庞，不由联想起每年夏天，当地芙蓉花开，满城清香的美景，就给女儿起名叫杨芙清。

少年时期，杨芙清学习好是出了名的，班里的同学都叫她“小先生”，但是她可不是那种书呆子，甚至她曾一度幻想能修炼成一个武艺高强、惩恶扬善、救人危难的女侠客。为此，她还在自家庭院里练就了一手扔纸飞标的本领。

1949年，无锡市解放，当时杨芙清刚刚升入高中。有一天，杨芙清和8名女生参加了市政府在人民剧场组织了一场救济贫寒学生义演活动，义演结束之后，杨芙清等9位姑娘一夜之间成为无锡市红极一时的业余舞蹈明星。从此，舞蹈成了杨芙清的终身业余爱好。

1957年初，杨芙清结束了留苏前的俄语集训。出国前夕，杨芙清和北京大学物理系高材生王阳元，在未名湖畔订下了终身大事。1959年末，杨芙清在莫斯科进修了两年程序，归国那天，王阳元早早地就赶到了火车站迎接。1960年秋天，杨芙清和王阳元在北京大学物理大楼举行了简朴的婚礼。当时正值三年“自然灾害”期间，这一对新人，每月工资合起来才112元，花了几十元钱买喜糖招待亲友们。之后两人养育了一儿、一女。

杨芙清担任过中国计算机学会副理事长，推动学会建设和改革，促进学科建设，培养青年人才，服务高校、科研院所和企业，为中国计算机事业发展做出了突出贡献。她为中国计算机事业的创建、开拓和发展做出了卓越的贡献。（中国计算机学会评）

杨芙清为中国计算机科学技术发展，软件工程学科建设和软件产业发展做出了重要贡献。（北京大学信息科学技术学院评）

芙清院士的治学为人，我以为可用“远见、胆识、韧性”六个字来概括。她对中国软件工程开拓性的研究及对软件复用和构件技术应用的倡导和引领，都是成效斐然，富有远见。她总是在关键时刻勇于提出和承担高水平、高难度的技术课题，力擎重负，奋力攻坚，展现出她过人的胆识和毅力。任何可观的事业，都不乏艰险和坎坷。难能可贵的是，她能甘于寂寞，坚韧不拔，长期固守，不懈求索，厚积薄发，颇有建树。（中国科学院院士张效祥评）