他和固始汗是西藏历史上的转折性人物，他们的共同努力确立了格鲁派的数百年宗教领导权。

中国社科院历史所挂网文章《关于固始汗的婚姻与卫拉特“汗位”继承》介绍：

在梳理当时人物关系时，固始汗和索南琼培两家之间不同寻常的关系很是引人注目。

首先，在固始汗势力控制卫藏方面，索南琼培起了决定性作用。联合固始汗控制了西藏。

1640年末，固始汗占据康区之后领兵正准备返回青海，而索南琼培不顾五世达赖喇嘛的强烈反对（此信息来自与拉藏汗冲突的第五任第巴所编订的《五世达赖喇嘛传》，因此此信息的真实性受到有的学者怀疑），秘密派信使往固始汗军前，要求卫拉特军进入西藏，消灭立都在后藏日喀则的藏巴汗。于是固始汗进军后藏推翻藏巴汗，被索南琼培推举为汗王。虽然固始汗是全藏之王，但西藏的行政大权由索南琼培掌握，固始汗也强力扶持索南琼培摄政地位。

早在1637年，固始汗访问西藏，达赖喇嘛封他为“持教法王”。实际上当时真正掌握格鲁派政教实权的是索南琼培，实质性交流是他和固始汗之间进行的。固始汗还封索南琼培“达赖襄佐”（Da-lai'-phyag-mdzod）称号，“襄佐”，即执事。在这次的会面之后，固始汗便率军占据安多、康区等藏区，最终控制了西藏。从时间和战事推进顺序看，当时双方就消灭康区格鲁派敌对势力，并把这些地区纳入卫拉特管辖，在此基础上进入西藏，建立联合政权等已经达成了共识。

不言而喻，西藏的事务被顾始汗和第巴索南琼培牢牢控制，他们两被比喻为“天空中的日月”，[34]体现了独一无二的密切关系。

固始汗诸子也十分敬重索南琼培，当他去世时，固始汗长子达延汗和第六子达赖巴图尔“来拉萨请求按照蒙古风俗举行守灵和回向法事”（sog lugs kyi nye len），此举极其特殊且意味深长。[35]按照传统，蒙古人信仰腾格里，认为万物有其神灵，人死后上升为保护家族的祖先神灵，家族需要进行神灵祭拜仪式。哪怕是象征性的仪式也好，无疑超越了政治层面的关系，显得不一般。

索南琼培和固始汗两家的紧密关系也体现在家族其他成员以及后辈之间的关系上。例如，1656年征战布丹时，索南琼培的从兄弟诺尔布指挥了卫拉特-西藏联军，达赖巴图尔及固始汗弟布颜鄂特欢之子玛齐克浑台吉等众多首领听从他的指挥。外族人对卫拉特蒙古联军行使指挥权，这也是极其罕见的，反映了诺尔布和卫拉特首领的特殊信赖关系。这次战役因诺尔布指挥不当而败北，玛齐克浑台吉不幸死亡，造成重大损失。[36]即使这样，青海卫拉特盟主达赖巴图尔始终是诺尔布的坚定支持者。

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弟弟继任第巴

索南琼培死后，其弟弟诺尔布以其血缘关系和后藏地方长官身份将继承西藏第巴位，却遭到达赖喇嘛的反对，黄教内部严重分裂。此时，达延汗和达赖巴图尔以及堆龙地区的格喀萨（Gad-ga-sa）家族力挺诺尔布，使他拥有了第巴权位。

被达赖革职

信心十足的诺尔布急于实施他的统辖权，不料达赖喇嘛势力最终将他驱逐出黄教高层。走投无路的诺尔布逃到达木，寻求固始汗后辈的庇护，而达赖巴图尔等也不离不弃，仍试图化解诺尔布与达赖喇嘛之间的对立。[37]

这些都在明示，索南琼培与固始汗家族之间有一种不同寻常的依赖关系。这种关系，很可能是政治和宗教基础上又以联姻构建的亲族式的亲密关系。换言之，固始汗可能迎娶索南琼培家族的女性做了自己的正式夫人，尽管这位夫人没有生育儿子，但通过政治与婚姻双重关系使两家建立了特殊关系。故此，索南琼培受固始汗家族同等的“蒙古风俗”葬礼，也是顺理成章的事情了。那么，迎自索南琼培家族之女性，自然是固始汗第三夫人了。

汗王等与达赖不和

和硕特汗国的汗王等贵族支持和保护索南琼培的弟弟执政，但达赖喇嘛把他革职，后来的几任第巴因此没有受到汗王等蒙古贵族的喜欢，五世达赖喇嘛扶植第五任第巴桑结嘉措，最后与拉藏汗冲突，导致战争。第八世至第十二世达赖喇嘛都是年幼而亡，反映达赖喇嘛与一代代摄政第巴（执事）的复杂关系，而这种复杂关系某种程度上在第一任第巴时期就存在了。

第巴并非藏王

中国社科院历史所挂网文章《关于固始汗的婚姻与卫拉特“汗位”继承》介绍：当时的藏王是和硕特汗国的汗王，达赖喇嘛的行政第巴（索南琼培及其后续者）是执事（固始汗封名是襄佐）。