1507年9月25日，他们到达那里，迅速地获得了岛屿的所有权，不过未能长期占有（霍尔木兹战役）。但是他在霍尔木兹岛上建起了葡萄牙城堡。

他的舰队又增加了3艘船，最后在1508年末到达马拉巴尔海岸。立刻，他就获悉国王已经授权他取代总督弗朗西斯科·德·阿尔梅达的任命。不过，后者拒绝承认他的委任状，并将他投入狱中。

在被监禁3个月后，1509年11月，葡萄牙元帅率领庞大舰队来到时，才被释放。

弗朗西斯科·德·阿尔梅达回国以后，阿尔布克尔克迅速显示出他的能力和果断的性格。从这时起，他一直占据第二任“印度地方总督”（Viceroy of India）的职位，直到去世为止。

1510-1511年

在果阿和马六甲

阿尔布克尔克打算支配穆斯林世界，并控制香料贸易网。

1510年1月，他对卡利卡特（今科泽科德）的进攻遭到失败，本人被射穿锁骨身负重伤，曼努埃尔一世派来的增援总司令费尔南多·科蒂尼奥也因“过度作秀”死于了卡利卡特扎莫林的奈尔勇士刀下。

葡萄牙人占领果阿

但是他中途结实了印度洋著名的海盗头子狄莫西，并将他归于葡萄牙帝国名下，狄莫西见阿尔布开克对卡利卡特的进攻遭到重挫，于是建议阿尔布开克放弃占领卡利卡特转而投资并夺取果阿。

在接近果阿时，当地人的统治者为穆斯林，而属下民众多为印度教徒，对穆斯林统治者十分不满，渴望得到解放，而阿尔布开克的到来，正好符合了果阿人民的心愿，他们协助葡萄牙人赶走了当地的穆斯林统治者并隆重欢迎阿尔布开克及其属下进驻果阿，给予了象征着果阿统治的果阿城门钥匙，献给了阿尔布开克，从此这位海上雄狮宣布，果阿成为葡萄牙帝国“神圣不可分割的一部分”，果阿人民皆为“葡萄牙帝国及曼努埃尔一世的子民”。

果阿之战

但是果阿当时作为南印度的商业枢纽，沟通着波斯与印度直接的贸易往来，并且果阿城位于两大印度帝国的中间地带（毗奢耶那伽罗帝国与比贾布尔苏丹国），比贾布尔苏丹得知自己的总督被葡萄牙人赶出来了，顿时大怒，趁自己与毗奢耶那伽罗帝国停战期间，亲自率领大军包围了果阿城，最终寡不敌众，阿尔布开克在5月被迫将其放弃，并且带领自己的“海洋之花”旗舰与其他克拉克帆船在河道与比贾布尔苏丹国展开了一系列的角逐。阿尔布开克及其属下被包围于曼多维河数月，船舰被虫蛀，坏血病的横行，饥饿与病痛折磨着葡萄牙人以及狄莫西的手下（如果没有狄莫西的不离不弃的帮助，阿尔布开克完全不可能坚守这么久的时间），不少葡萄牙人叛逃至敌人处，甚至有叛徒叛逃至后，皈依了伊斯兰教，过着锦衣玉食的生活，随着比贾布尔苏丹的使者一起前往阿尔布开克的“海洋之花”前去谈判并“显摆”皈依伊斯兰后的生活是过么的舒适，以至于这名随使叛徒当即被葡萄牙弩手击毙，并且遣回了比贾布尔苏丹送来的食物，并且禁止在此期间嫖妓印度妇女（这对士气产生了极大的影响，导致了一名船长公开对阿尔布开克的反叛）。并且阿尔布开克与比贾布尔苏丹之间的博弈期间，比贾布尔苏丹多次劝降阿尔布开克，甚至是给予阿尔布开克极大的利益的情况下（比如给予葡萄牙人位于果阿的贸易站，甚至可以驻军于此）。但是阿尔布开克始终强调一句话“果阿城是葡萄牙以及伟大的曼努埃尔一世陛下神圣不可分割的财产”拒绝任何谈判。

但是在11月得到增援后（更大的原因是比贾普尔苏丹国与毗奢耶那伽罗帝国的停战协议结束），阿尔布开克与狄莫西属下们脱离了长久以来的困境，取得了这场博弈的最终胜利，并立即返回克钦，重整兵马，吸取教训，整顿军风，过后扬帆返回果阿，经过了一系列艰辛的战斗，取得了果阿之战的胜利，夺取果阿。又在1511-1512年的第二次果阿之战抵挡了比贾布尔苏丹的反扑，获得了果阿的实际控制权。

1511年4月，他率领1200人，17或18艘船的兵力，从果阿航行前往马六甲。经过整个7月的激烈战斗，在1511年8月24日，他取得马六甲围城战的胜利，征服了满剌加苏丹国的首都马六甲，但是与以往不同，他并没毁了这座城市，而是有纪律的抢劫。失去首都后，马六甲王朝残部仍然试图反攻。

1526年，阿尔布克尔克的继任者佩罗-德-马斯卡莱纳斯又攻取了马六甲王朝残部的重要据点宾坦岛（宾坦岛之战）。

阿尔布克尔克在马六甲一直逗留到1511年11月，防备马来人的反击，其中更大的原因是阿尔布开克本人太过担心果阿。在阿尔布开克从马六甲回到果阿后，果然发现果阿城问题在他走之后层出不穷，异族通婚制度没有得到落实，官员过度腐败，只懂得贪图享乐。

他下令实行宗教强制措施，以此迫使印度教徒和穆斯林皈依基督教，这期中更多的因素是葡萄牙的圣战传统与教宗给予葡萄牙的光荣使命。他还下令第一艘葡萄牙船只向东航行寻找马鲁古群岛的“香料群岛”。

阿尔布克尔克不止针对宗教问题，也对民族问题在果阿进行改革，他促进葡萄牙人与当地的女性通婚，使得果阿被烙上了“葡萄牙神圣不可分割”的烙印，这项改革不仅是促进了文化交融，更使得葡萄牙在果阿的统治越发牢固（通婚生下来的小孩也是天主教徒，也被认同为葡萄牙人），这也为之后果阿成为葡萄牙在印度最繁荣的殖民地打下了坚实的基础。

1512-1515年

多方面的军事行动

1512年，阿尔布克尔克沿着马拉巴尔海岸航行时，途中遇到暴风袭击，用来运送他所聚敛的战利品财宝的“海洋之花”号失事（但是保住了送给曼努埃尔一世的黄金王冠），他本人也仅仅得以逃生。同年9月他抵达果阿，在那里他迅速地镇压了Idalcan的严重叛乱，并采取措施保证该城的安全与和平，使其成为印度最为繁荣的一个葡萄牙殖民地。有一段时间，阿尔布克尔克根据本国政府的命令到红海进行一次远征，以确保交通路线专属于葡萄牙。因此他在1513年围攻亚丁，但是被击退了；因此欧洲舰队第一次的红海航行未能取得实质性的成果。为了摧毁埃及的力量，据说他设想要改变尼罗河的流向，以使该国变为不毛之地。他采取的最后一个好战行动是在1515年第二次袭击霍尔木兹。他通过帮助该国王子复位而傀儡其，不流血地占领了该岛，并且一直被葡萄牙占领，直到1622年。也许最有趣的是，他计划偷走穆罕默德的尸体，以迫使所有穆斯林离开巴勒斯坦。

1513年

中国探险

1513年初，阿尔布克尔克派遣欧维士（Jorge Alvares）的航行，发现了华南珠江三角洲的伶仃岛（Lintin Island ），不久后阿尔布克尔克派遣拉斐尔·佩雷斯特雷洛 （Rafael Perestrello）到华南，寻求与明朝建立贸易关系。在1513年和1515–1516年，Rafael两度从葡属马六甲航行到广州，与中国商人进行贸易。

这些冒险，连同皮莱资（Tomé Pires）和费尔南·安德拉德 （Fernão Pires de Andrade）的冒险，是欧洲与中国第一次直接的外交和商业联系。

不过，1521年4月19日，正德帝驾崩，朝廷里的保守派寻求限制宦官的影响，拒绝了新来的葡萄牙使节，与葡萄牙人发生了屯门海战，被中国扣留的皮莱资被迫写信到马六甲说，除非葡萄牙人放弃对马六甲的控制，交还给被废黜的国王（从前明朝的藩属国），他和其他使节才会从中国监狱释放出来。

到1540年代，中葡关系再度正常化，并且在1557年，得到明朝朝廷的许可，在华南的澳门建立起一个永久性基地。

阿尔布克尔克一生的结局是痛苦和不体面的。他在葡萄牙宫廷里的几个敌人不失时机地激起国王曼努埃尔一世对他的嫉妒，而他本人在一些场合的不明智和武断的行为更加深了这一点。在他从霍尔木兹返航时，在果阿海港的入口处，他遇见一艘来自欧洲的船只，宣布他的总督职位已被自己的敌人洛波·苏亚雷斯·德·阿尔贝加里亚（Lopo Soares de Albergaria）所取代。这个打击对他实在太大，1515年12月16日，这位为葡萄牙帝国奉献一生，公正的印度总督，伟大的果阿公爵最终永远闭上了双眼。

在去世前，他用庄重感人的词句写了一封信给国王，为他的行为辩护，并要求将应归于他的爵位和赏金传给他的儿子。他的遗体被安葬在果阿的圣母教堂。葡萄牙国王后来确信他的忠诚，于是为过去的忘恩负义尽力偿还，将许多荣誉赐给他的生子布拉斯·德·阿尔布尔克 （1500—1580）。1576年，后者将他父亲的作品出版了选集，标题为“Commentarios do Grande Affonso d'Alboquerque”。