秦统一全国后，实行郡县制，清水县地属陇西郡上邽县（原邽县）、绵诸道。西汉初，随着经济人口的发展，为巩固边防、扩充疆土，汉武帝元鼎二年（公元前115年）析上邽，在关陇要冲置清水县、戎邑道（治今黄门乡）与陇县，至此，始有清水县名，县治在古城（今永清镇李崖村）。

《太平御览》引述“《三秦记》云：‘其坂九回，七日得越，上有清泉，四注而下。’下有县，因此而名。”元鼎三年（公元前114年），分陇西郡置天水郡，辖16县（道），其中清水县、绵诸道均属凉州刺史部天水郡。西汉末年，王莽改清水为识睦。王莽始建国二年（公元10年），公孙述于县治以西15里依山筑清水西城（址今红堡镇西城村）。东汉明帝永平十七年（公元74年），改清水县为?坻聚，与绵诸道、戎邑道一起并入陇县。

三国初，魏复置清水县，废陇县入清水县。魏文帝黄初二年（221），从天水郡分置广魏郡，辖4县，清水县属之。西晋时，清水属秦州略阳郡管辖。东晋十六国时，前赵、后赵、前秦、后秦、西秦、大夏、仇池等少数民族政权，先后把势力伸入清水境内。

晋安帝义熙六年（4l0），夏王赫连勃勃攻陷清水城，将清水及略阳16000余户居民迁于大城（即夏都统万城，在今陕西省靖边县北）。北魏统一北方后，清水县仍属秦州略阳郡所辖。北魏太武帝太平真君八年（447年），在原戎邑道故地置安戎县，属略阳郡。北魏文成帝和平五年（464年），分略阳郡清水、伯阳（治今北道区伯阳乡）2县置清水郡驻清水，属秦州。西魏、北周继之。北周，废安戎县。

隋文帝开皇三年（583），废清水郡，改伯阳县为秦岭县，与清水县均属天水郡。唐高祖武德四年（621年），在清水置邽州，辖清水、秦岭两县，历3年废入秦州。“安史之乱”后，吐蕃乘虚而入。唐肃宗宝应元年（762年），吐蕃突破唐临洮防线，取秦、成、渭等州，清水亦被占据，古城废弃。唐德宗建中四年（783年）正月，陇右节度使张镒与吐蕃大相尚结赞盟于清水，暂息兵戈。

不久，吐蕃背盟，复据清水。唐宣宗大中二年（848年），凤翔节度使崔珙破吐蕃收复清水，隶风翔府。因老城久废，移县治于牛头河南人口稠密处（即今城址）大中三年（849年），复属秦州天水郡中都督府。

北宋太祖建隆二年（961年），秦州入宋，清水县属陕西路[宋仁宗庆历元年(1041年)改称秦凤路]秦州。此时，清水境内吐蕃已为汉族同化，但秦州羌（即吐蕃“生户”）仍频繁寇掠清水。为此，北宋王朝在清水相继置直属秦州的?穰、冶坊、静戎等寨堡以及太平监，屯兵防守。宋太宗太平兴国初年，县治从上邽城迁回。宋真宗大中祥符九年（1016年），秦州都部署曹玮出奇兵破吐蕃李遵立部于三都谷，基本结束了吐蕃对秦州及清水一带的扰掠。此后，曹玮督军民在境内大修堡寨，并筑清水城（即今城址），以拱卫秦州。

这些城堡在后来抵御西夏的人侵中发挥了重要的作用。宋神宗熙宁二年（1069年），清水县隶秦风路凤翔府秦州，领弓门、冶坊、?穰、宁远等29堡。宋徽宗崇宁年间（1102年一1110年），清水县、太平监和弓门、静戎两寨以及?穰、冶坊2堡均属秦州。南宋高宗建炎三年（1129年），金将兀术越陇山西进，破清水城，继而攻陷秦州。此后，宋将吴玠曾一度收复秦州，但金仍据清水。建炎四年（1130年）。金升冶坊堡为县（治今黄门乡王店村），与清水县均属凤翔路西宁州。金宣宗贞三年（1215年），清水、冶坊两县以及?穰、静戎2镇均隶属凤翔府秦州。金哀宗正大四年（1127年），元太祖铁木真（成吉思汗）率部越六盘山到达清水县西江畔（今牛头河），病逝于萨里川（今红堡川）行宫内。

金哀宗正大四年（1127年），元太祖铁木真（成吉思汗）率部越六盘山到达清水县西江畔（今牛头河），病逝于萨里川（今红堡川）行宫内。元代清水县归陕西行中书省巩昌总帅府秦州。元世祖至元七年（1270年），废冶坊县入清水县。

民国初年，废秦州设置渭川道，清水为其所辖。民国16年（1927年），改渭川道为渭川行政公署，清水属之。民国38年（1949年）7月31日，清水解放。8月7日，清水县人民政府成立，属陕甘宁边区政府天水分区。

中华人民共和国成立后，清水县属甘肃省天水分区行政督察专员公署。此后，与天水县（今天水市麦积区）、秦安县多次调整边界。于1961年12月第二次与张家川回族自治县分置后，县境北界、南界均向南推移，西界西移，辖域由民国时的菊叶形变为东西长方形，县治居县境中心。1985年7月，天水撤地设市，实行市管县体制，清水县归天水市管辖至今。全县设6镇12乡、260个行政村、4个居民委员会，1125个村民小组，总人口31．26万人，有汉族、回族、藏族、白族、朝鲜族、土家族等8个民族。全县2005年末总户数为66846户，总人口312552人，其中农业人口291628人，占总人口的93.3%，少数民族有回、藏、东乡、土、苗等。（最新编辑：陇右风华）

清水历史悠久，是我国古代文化发祥地之一，轩辕文化、邽秦文化、屯田文化、关陇文化、唐蕃文化、宋元文化在这块古老的土地上随着历史前进的步伐，不断发展延伸。

清水县是轩辕黄帝的诞生地，自古享有“轩辕故里”的殊荣，境内发现马家窑至齐家文化遗址40余处。其中，轩辕窑、轩辕谷等历史遗存与《史记》、《水经》等史书记载“黄帝居轩辕之丘”、“黄帝生于上邽轩辕谷”相应证，有力的佐证了清水作为轩辕文化之乡的美誉。2011年，清水县被省民间文艺家协会命名为“轩辕文化之乡”。

2005成立了“天水轩辕文化研究会”，相继创编了大型广场舞蹈《清水轩辕鼓》和西秦腔歌舞剧《轩辕大帝》，创办发行了天水轩辕文化研究会会刊和《轩辕书画报》，出版了《轩辕黄帝略考》、《轩辕故里》、《轩辕故里民间故事集》、《华夏文明的曙光》等研究专著，撰写了《轩辕黄帝及文化初深》、《轩辕黄帝出生探疑》和《轩辕黄帝、轩辕文化、轩辕谷》等有影响的研究论文。建成了轩辕广场、轩辕大剧院、轩辕湖公园、轩辕宫、轩辕祠、充国广场等。

2006年4月，原党和国家领导人华国锋同志在征求专家意见的基础上，为清水题词“轩辕故里”，丰富了清水作为轩辕故里文化的内涵。如今，“轩辕故里”已作为清水县的一张“名片”，分别刻于清水县轩辕广场、清水县轩辕谷两地。近年来，先后为清水题写“轩辕故里”的还有全国道教协会会长任法融、著名学者石兴邦、何光岳、杨东晨等。清水县先后被命名为甘肃省“轩辕文化之乡”“中国民间文化艺术之乡”。

位于清水县城北1公里处的牛头河畔。牛头河北岸一级台地李崖村西，占地面积9000平方米，为国家AA级旅游景区、文化旅游景点。始建于汉，后历代辟祭田，修祭殿，勒石刻碑，铭其事迹。现包括全国重点文物保护单位鲁恭姬造像碑，省级文物保护单位赵充国墓、宋（金）墓群，以及县级文物保护单位碑林等文物遗迹。

代天骄成吉思汗在完成蒙古族各部的统一，建立地跨欧亚的元帝国，出兵西夏攻秦州途经清水时，于宋宝庆三年七月十二日卒于萨里川（即今清水县城西牛头河畔）。

有清水温泉、花石崖、小华山、石洞山、轩辕谷、轩口窑、轩辕广场、充国陵园、充国广场等旅游景点。

有薄皮核桃、清水半夏、花牛苹果、清水扁食、烧鸡、黑木耳、大麻等特色小吃。